指标生和自主招生的区别是概念不同。
指标生是普通高中拿出部分招生计划分配到一定范围的学校，而以指标的身份进入高中就读的考生则被称为指标生。而自主招生又称自主选拔，是高校选拔录取工作改革的重要环节。通过高考自主招生笔试和面试之后，可以享受相应的高考降分政策。
指标生报考条件：
拟填报指标生志愿的考生须同时具备以下条件：
①符合正取生招生条件的应届初中毕业生。
②参加市高中阶段学校招生考试。
③综合表现评定等级为B以上（含B）。
④须已在报名所在初中学校就读，并已取得该校初三学年学籍。
自主招生报考条件：
（1）自主招生录取人数控制在试点学校本年度招生计划的5%以内，招生的名额用学校预留计划，不占用分配给各省市的招生计划指标，既保护了各地报考院校的优秀考生，又不损害本省市其他考生的利益。
（2）被预选的考生可获得政策性保护，即使高考分数未达到该高校在当地的投档线（一般在投档线下20分以内），仍有可能被录取。
（3）招生高校制订自主招生录取方案，并纳入招生章程，向社会公布。
高招公平性的影响：
考试招生改革时间表这项政策从出台、实施，一直备受争议，因为自主招生制度正变得不公平。从过往被自主招生录取的案例来看，他们很多是因为“特殊才能”被录取的。为了培养孩子的“特殊才能”，许多家长把他们送进各种各样的辅导班。
如面试能力的训练班、奥林匹克数学辅导班。很多家长为了高校的自主招生，花巨资送孩子参加各种辅导班，刻意培养自身的特殊才能。不难看出，贫富差距已经对高考招生制度公平性产生了巨大的影响。
自主招生制度“歧视”农村考生也成为争议的一个焦点。通过自主招生进入大学的农村考生人数远低于城市考生。
2010年北京大学颁布的自主招生新政“校长推荐制”学校名单中，没有一所高中在农村地区。农村考生在自主招生制度下，常常是处于劣势的一方。对于教育公平的永久课题，国家和公民都应加强思考和探索。