1、它们的设立机关不同。
派出机关是由各级人民政府设置的；派出机构则由各级人民政府的职能部门设置。
2、它们的职能范围不同。
派出机关的职能是多方面的或者综合性的，相当于一级政府；派出机构则只限于管理某项专门的行政事务。
3、它们的主体资格不同。
派出机关在法律上能以自己的名义行使行政权，是职权行政主体，且是地域性行政主体；派出机构则只能成为授权行政主体。
派出机构:
派出机构是国家行政机关依法在一定区域内设立的分支机构或代表机构。亦称分支机构或驻地机构，如中央邮政、铁道、海关等机关在各地的分支机构，以及外交部在国外的使、领馆。派出机构有权代表国家行政机关执行某种特定任务或从事某种专门业务，但不是一级国家行政机关。国家行政机关通常对派出机构实施积极的领导、协助和监督。
派出机关:
根据有关法律、法规的规定，县级以上 地方各级人民政府可以根据工作需要，在一定区域内设立派出机关。派出机关是人民政府派出的 国家行政机关，而 派出机构是政府职能部门派出的从事某种专门职能的机构）。我国地方人民政府的派出机关主要有三种类型：
省、自治区人民政府经国务院批准设立的 行政公署；
县、自治县人民政府经省、 自治区、直辖市人民政府批准设立的 区公所；
市辖区、不设区的市人民政府经上一级人民政府批准设立的 街道办事处。