区别很多，具体如下：
应用：楷书多用于比正式点的场合，如《九成宫醴泉铭》是欧阳询奉皇帝圣旨所书，可见其正规的高度，而行书多常见于书信等一些带有情感自由表达的地方，如颜真卿《祭侄稿》，苏轼《寒食帖》等。
笔画：楷书（工楷）就是一笔一画，规规矩矩，而行书笔画常有游丝引带，更富有流动性。
结构：楷书结字法度极为严谨，如横画等矩，等要求。行书结字较为洒脱，主要体现笔画间，字间及整篇的流动之美，可例见《兰亭集序》。
书写要求：楷书从入门到创作（真正写好），需要很长周期，正常都是好几年，因为楷法无欺，好坏别人一眼就能看出来，这就对书者功底要求极高。行书一般学习见效快，只要把握好结构及笔画间的流畅性，数月即可见效。要求较楷低，当然好的高度又是另外一个问题。
以上简单例举几点区别，当然更多异同，还需要长期学习积累加以仔细体会。