为了适应新世纪对医药学人才的要求，医学教育将在教育思想、教学方法和教学内容等方面进行全面的改革。教材是体现教学内容和教学方法的知识载体，是进行教学的基本工具，也是深化教学改革，全面推进素质教育，培养创新人才的重要保证。因此，更新医药学教材的目的是站在新世纪的高度，培养新世纪的医药卫生技术人才，以适应新世纪社会进步和人类健康发展的需求。根据本教材的主要使用对象是药学专业本科生，此教材的编写力求体现三基（基础理论、基本知识、基本技能），三特（特定对象、特定要求、特定限制）和五性（思想性、科学性、启发性、先进性、适用性），旨在培养学生开拓性学习与思维的精神。
根据有关专家建议以及兄弟院校使用五版教材后的反馈意见，编写小组成员对该版教材的内容、编排等方面进行了逐章逐节地讨论和修订，并在章节安排、突出重点、解析难点、内容编排及取舍等方面作了一些变革。确定新版教材继续沿用第5版的书名《微生物学与免疫学》，并分为免疫学、微生物学及微生物在药学中的应用三大部分。为突出其实用性，本版教材删除“感染与免疫”部分，而将其相关内容分别贯穿于细菌、真菌和病毒等章节中，以进一步强调理论联系实际。微生物学与免疫学是生命科学的前沿学科，又是紧密联系实际的交叉型应用学科，其理论和实验技术的发展迅猛，成绩斐然。同时为了跟踪国际先进水平和我国医药学工作者近年来的研究成果，更新教材内容，并强调理论与药学应用相结合，在微生物学与免疫学新理论、新技术，特别是其渗透到药学中的应用等方面作了适当增补。部分章节的插图做了调整，力求做到“文”“图”配合，易于理解。更难能可贵的是编者们针对教学中的难点又编写了与本教材配套的习题集与题解，便于学习者课余练习和进一步加深理解。
第6版教材参编者均具有较高的专业理论水平并位居教学第一线，部分青年编者的参与给教材注入了新的活力，也适应了我国高等医药学教育改革之趋势。本版教材是在参考第5版微生物学与免疫学的基础上，并结合龚非力教授主编的《医学免疫学》第二版及国内外相关参考书和文献进行修订。
