百合是需肥较多的作物之一，施肥对其增产作用明显。综观各方面资料，在肥力中等偏上的土壤上，每667米2产鲜百合1500千克，需施氮（N）35～40千克、磷（P2O5）20～25千克、钾（K2O）45～50千克。
百合对氮、磷、钾的吸收因生育期不同而异。据贾自珍等报道（1993），对氮的吸收，主要在枞形期至开花期，开花后期氮素吸收开始下降，其吸氮高峰有两个：一个在枞形期至孕蕾期，二是在现蕾期至开花期。百合吸磷高峰亦有两个：一个在枞形期至孕蕾期；一个在现蕾期。百合钾的吸收高峰较氮、磷早些，一般在孕蕾期，说明钾肥以基施或早期追施的效果好于迟施。
百合的全生育期较长，为满足其生长过程对养分的需要，达到前期幼苗长得壮而快，中期盛苗稳得住（绿叶数多），后期不早衰的目的，要求以基肥为主，一般667米2施厩肥2～3吨，外加腐熟饼肥50～75千克、尿素8千克或硫酸铵15千克、过磷酸钙或钙镁磷肥20～30千克、硫酸钾7.5～10千克。施肥后将肥料翻入土中，并和土壤充分混匀。避免肥料和种球直接接触，以防灼伤仔鳞茎。追肥可分为冬季施肥培土、春季松土补肥、中期控制追肥、后期增加用肥4次。
为使栽植的仔鳞茎能在清明前早出苗、出壮苗，南方在1月份前后每667米2用猪羊灰1吨左右铺撒畦面，外加腐熟饼肥50～75千克和草木灰75千克。北方平畦栽种百合可在早春未解冻时将肥料施入，一般每667米2施羊粪和坑土2.5～4吨，施肥后盖一层薄土，以盖住肥料为度。4月上旬清明前后百合苗逐步长高，约在10厘米高时及时施提苗肥，以促进秧苗生长。一般每667米2用人粪尿或猪灰粪1～2吨。当地上茎“罩根”尚未大量发生前，每667米2施腐熟饼肥150～250千克，肥料施入行间，结合中耕培土埋入土中。5月下旬百合打顶后应控制施用氮肥，否则会导致中、后期茎叶生长过旺，影响鳞茎肥大。百合珠芽收获后叶色逐渐变浅，说明养分不足，为防止早衰应及时追施速效性肥料。另外，可叶面喷施0.2%磷酸二氢钾，以满足百合后期对磷、钾的需求。
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