柯桥区境背靠会稽山，北濒海，故呈西面高、东北低的阶梯形地势，山脉、平原、海岸兼有，山丘与平原间界线明显。西南部为低山丘陵河谷区，占柯桥区总面积约51%，中北部为水网平原区，占柯桥区总面积约30%，平均海拔6-7米，偶有孤山、残丘分布其间，其高度一般不超过200米，史称山会平原。东北部为滨海平原区，占柯桥区总面积11%，海拔5米左右，系淤涨型滩涂，地势平坦。
柯桥区境内有地望名称并经实测高程的山岗共273座，岭24座，为五百岗、木窝尖、独子尖、化山、东干山、秦望山、西干山、香炉峰等，海拔一般在300-400米之间。骆家尖海拔747米，为境内最高峰。
会稽山：原名茅山，亦称亩山，是中国历代帝王加封祭祀的著名镇山之一，是中国五镇名山中的南镇，其地处浙江省中东部，西南-东北走向，主脉在绍兴地区的绍兴县、诸暨市、嵊州市、新昌县和东阳市，其山脉东西约100多公里，主峰高700米，山虽不高，但名人辈出，久负盛名。
五百岗：位于柯桥区王坛镇境内属浙中山脉会稽山系，海拔692米，属江南少见的火山群地貌。山体由安山岩构成，有多座火山锥分布于喷出岩构成的高台地上，其中以主峰雌鹅凸（660米），雄鹅凸（637米）最为典型。
秦望山：在绍兴东南约20公里处，据“舆地广记”记载：“秦望山在州城正南，为众峰之极，始皇登之，以望东海”，故名。《水经注》记述“秦始皇登会稽山，刻石纪功尚在山侧”。这山即秦望山。海拔500余米，周围丘陵起伏，多条河溪发源于此。
香炉峰：又名宛委山、石匠山、玉笥山，亦称天柱山，与大禹陵所在的会稽山相连。相传山上有“金简玉字之书”，夏禹发之，得“知山河体势”，终于治平洪水。香炉峰高354米，峰顶数十米见方，形似香炉，峰由此而得名，是一处佛教寺院与风景名胜兼有的游览胜地。
发源于南部会稽山脉的石泄江、富盛江、攒宫江、平水江（若耶溪）、直落江、南池江、坡塘江、娄宫江、漓渚江、秋湖江、项里江、型塘江、陌坞江、夏履江等10余条江河溪流，史称鉴湖36源。实有43条。北向涌入北部平原，与浙东运河、鉴湖、西小江相交，或溢而为江，或渚而为湖，或为沼为池，为溇为荡，形成河道交叉纵横，湖泊星罗棋布的平原河湖网，瓜渚湖、贺家池、白塔洋、芝塘湖、大板荡等等18个湖泊点缀其中，平静如镜，荡漾其间。
西小江：又名钱清江，原为潮汐河流，宋、明间，多次成为浦阳江下游干道，直通杭州湾。明宣德年间（1426~1435）被疏归故道，入富春江。西小江遂自成体系。其上游为进化溪（古称麻溪，今属萧山），源于螽斯岭，经晏公桥进入绍兴县江桥上板。经杨汛桥，在钱清镇穿越浙东运河，折东北经南钱清、新甸、管墅、华舍、嘉会、下方桥、湖，于荷湖与直落江汇合，经三江闸，入新三江闸总干河，注入曹娥江入海。境内河道总长58公里。
浙东运河：古名漕渠，又名西兴运河，疏凿于晋代贺循。西起萧山西兴，东至上虞曹娥，过曹娥江经梁湖、坝头与姚江、甬江会合，全长约78.5公里，与杭绍甬公路、萧甬铁路平行。境内西起钱清镇，经柯桥入城区西郭门，出都泗门，迤东经皋埠、陶堰，于泾口入上虞，长41公里，为连接萧山、上虞至余姚的主要航道。
境内河流纵横交叉，主要有20条：
石泄江，源于富盛镇石泄村后青山，经上虞东入运河，境内主流长6.3公里。
富盛江，源于皋埠镇青龙山，经富盛镇注入运河，主流长9.4公里。
攒宫江，源于富盛镇五丰岭，经上蒋注入运河，主流全长5.5公里。
平水江，又名若耶溪，源于平水镇茅园岭，经上灶，在稽山门汇入环城河，主流全长23.55公里。
南池江，源出平水妃子岭，在南门汇入环城河。主流全长6.7公里。
坡塘江，源出平水妃子岭，于廿亩头汇入环城河。主流全长4.1公里。
娄宫江，又名兰亭江，源于兰亭镇大庆山，在偏门汇入鉴湖大江。主流全长21.55公里。
漓渚江，源自棠棣太山岭，于钟堰汇入鉴湖大江。主流全长20.4公里。
项里江，源于州山冷水湾岗，在彤山西侧注入鉴湖大江。主流全长4.7公里。
型塘江，源于湖塘九岭下，出寿胜埠头注入鉴湖大江。主流全长18.65公里。
秋湖江，源于福全镇豆腐尖，在彤山东侧。主流全长6.6公里。
陌坞江，源于湖塘陌坞一字岗，在西跨湖桥注入鉴湖大江。主流全长6.75公里。
夏履江，源于湖塘凉帽尖，至江桥前童通连西小江。
西小江，又名钱清江。源于萧山进化溪，经江桥、杨汛桥、钱清，穿越浙东运河，于荷湖与直落江会合，入新三江闸总干河注入曹娥江。境内全长58公里。
直落江，由若耶溪伸入北部平原，为山会平原南北向总干渠，与西小江会合后入新三江闸总干河。全长14.2公里。
曹娥江，源于东阳市济公岭，经新昌县、嵊州市、上虞区，在绍兴市越城区孙端镇横湖村入三江口汇入钱塘江。主流全长193公里，境内主流长26.3公里。
浦阳江，历经变迁，多次改道。1950年，由萧山上板入境，称钱清江（西小江），为萧山与绍兴之界河，境内全长8.4公里。
小舜江，曹娥江中游最大的支流，源于嵊县竹溪赤藤岗，在五间头入境，至登岸入上虞区，注入曹娥江。主流全长72公里，境内长17.6公里。
