2014年3月13日，央行下发紧急文件《中国人民银行支付结算司关于暂停支付宝公司线下条码(二维码)支付等业务意见的函》，暂停支付宝、腾讯的虚拟信用卡产品，同时叫停的还有条码(二维码)支付等面对面支付服务，并要求支付宝、财付通将有关产品详细介绍、管理制度、操作流程等情况上报 。二维码支付的安全性问题引起了社会的极大关注。
对此，相应的二维码支付软硬件厂商都在积极提出自己的安全解决方案，2014年4月9日，支付宝在北京宣布将联合多方共建安全基金，首批投入4000万元。同时，支付宝还表示，将在即将面世的支付宝钱包8.1版本中，推出设备管理、短信保护等功能。
“2014年度，我们会投入4000万元用于我们的安全基金的联盟建设，主要包括了反木马的基金。”小微金融服务集团(筹)副总裁、首席风险官胡晓明称，这4000万元的基金，主要投向反钓鱼联防、反木马联防、反洗钱、反恶意攻击、用户信息保护等领域。
二维码支付硬件厂家也从三方面提出了安全解决方案。第一，从硬件方面，微pos的硬件有自我保护的能力，若是被强拆，微pos内的芯片会自行烧毁，防止有人试图篡改pos机系统;第二，微pos的系统是基于Android进行了必要的删减和封装形成，不存在多余的功能，这也保证了系统不被恶意软件侵染;第三，微pos机在处理数据时都会进行信息加密，保证交易数据不外泄
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