剧透预警，让我们一起探索《极限脱出：第一作999》的迷雾重重的故事。
主人公淳平在一声爆炸中惊醒，逃出神秘的【5】号房间，这是一场紧张刺激的密室逃脱游戏，关键在于解读房间内的线索和谜题。在这里，他邂逅了青梅竹马茜，心中满是疑惑与不安。当九人聚齐后，【zero】带来一个严峻的任务——在9小时内找到【9】号门，但门需3-5人协作开启，且人数需相等，时限设定在6点，空间限制在A/C层甲板。每个成员都有自己的代号，从1到9，数字背后隐藏着深奥的规则。
游戏引入了【数字根玩法】，挑战开始。不幸的是，一名无辜者因违规被残酷牺牲。众人分头行动，淳平选择【4】号门，与茜一同面对【泰坦尼克】诅咒的考验。在厨房，他们发现了【ICE9】，这可能是足以毁灭世界的威胁。他们来到疑似病房的【巨人号】，发现12点检查后，1点时尼尔斯失踪，同时赌场里【9】号门的解谜代价竟是牺牲三人。
【线索与分支】开始复杂起来，四叶的崩溃让茜对血缘关系产生怀疑，淳平则揭露了牺牲规则。随着剧情的推进，船上的紧张气氛愈发浓厚。八代提出了【3,3,1】的分组策略，一宫甘愿牺牲自己。在【4号门】与【3号门】之间，淳平选择寻找茜，途中发现尼尔斯的尸体和【水星门卡】。赛文的推测指向有人故意引诱尼尔斯触发了炸弹，zero的嫌疑愈发明显。塞文的发现揭示了一个九年前的调查事件，他的记忆在牢房中中断。
在【4】→【7】→【6】的路线中，淳平决定走【7】，在此过程中发现【EDT】和ICE9的关键线索。众人回到病房大厅，意外获得了【木星钥匙】和【地球钥匙】。四叶坚持调查【3】号门，却在那里发现了尼尔斯的尸体。经过七人的投票，主角四人前往【6】号门，Santa开始讲述一个有关过去的深沉故事。
随着牺牲和发现的真相，一宫和淳平因为茜的离去而陷入困境。棺材敲击声在寂静中回响，淳平发现四叶失踪，电梯下层的八代尸体和被拿走的腕表预示着更大的危险。淳平在【5】→【8】→【1】的路线中遭遇了悲剧，发现尼尔斯和八代的线索，但自己也遭到了杀害。在【5】号门，淳平与尼尔斯和隐藏身份的塞文一同行动，找到【金星钥匙】，却再度面临尼尔斯的失踪。
在【1】号门，对话在【形态形成场假说】的实验中戛然而止，而【灵机一动】、【危机】与【形态形成场假说】交织在一起。尼尔斯推测茜的腕表可能揭示了【9】的秘密，而Santa的腕表则暗示【0】。在【9】号礼拜堂，他们发现了【9】号门，随着四叶的失踪和保险柜的谜题解开，一宫的过去和zero的真面目逐渐浮出水面。
在《善人死亡》的续集中，淳平、四叶和塞文合力揭露真相，尼尔斯揭示了制药公司九人计划的内幕。船身的摇晃和【海王星钥匙】的发现，让剧情峰回路转。淳平揭露一宫的动机，Santa揭示游戏的终极目标——从【我】到【零】的转变。在【4】-【7】-【1】的路线中，隐藏的真相逐渐显现，而棺材敲击声始终伴随着他们。
在紧张的逃亡中，淳平和伙伴们解开一个个谜团，爱丽丝的出现和塞文的牺牲，为故事画上了一个悬念重重的句号。而关于爱丽丝的真实身份、茜的病情以及制药公司背后的阴谋，将在后续的篇章中继续展开。《极限脱出第一作999》，一场关于生存、信任与背叛的惊险之旅，等待着我们去探索。
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