中国科学院深圳先进技术研究院的领导阵容强大，由院长樊建平担任。樊建平，1963年11月出生于内蒙古，南开大学1984年毕业生，1990年获得中国科学院工学博士学位。自1990年起在中科院计算所工作，曾任课题组长、智能中心副总工、国家高性能计算机工程中心主任，1998年起担任计算所副所长。自2006年起，他执掌深圳先进技术研究院，现为中国科学院计算技术研究所二级研究员，同时还担任《计算机研究与发展》杂志主编和多个科技规划、学会的委员。樊建平在高性能计算机领域有显著成就，曾主导成功研制多个国产高性能计算机系列，荣获多项国家科技进步奖项和个人荣誉，包括中国科学院科技进步特等奖和中国青年科技奖等。
副院长许建国，1962年生于福建，拥有研究生学历和硕士学位。他曾在深圳市多个政府部门任职，包括深圳市科技工贸和信息化委员会计划财务处处长。许建国的行政经验丰富，曾赴国家经贸委外经司锻炼。
徐扬生教授，副院长，1982年和1984年分别获得浙江大学和美国宾夕法尼亚大学学位。他专长于空间机器人、智能系统与控制等领域，设计开发了多个机器人项目，如空间站跨步式机器人等，并主持了多项政府和企业资助的研究项目。徐扬生教授是多个国际学术机构的院士，包括中国工程院院士和IEEE fellow。
党委书记、副院长白建原，1956年生于北京，拥有丰富的行政管理经验，曾在多个科学院局处担任重要职务，直至成为院地合作局高级业务主管。
纪委书记、副院长吕建成，1965年出生于陕西西安，1988年西安交通大学研究生毕业，拥有工学硕士学位，曾历任西安光机所多个职务，包括副院长和陕西省西安市政协委员。
中国科学院深圳先进技术研究院-----与国际接轨，与产业接轨的新型国家科研机构。根据中央建设创新型国家的总体战略目标和国家中长期科技发展规划纲要，结合中国科学院科技布局调整的要求，围绕深圳市实施创新型城市战略。