“十五”期间，依照国家和自治区机构改革的总体部署，进行了自治区国土资源管理机构改革，自治区国土资源管理工作在新体制下正常、有序运行。
一、2000年自治区国土资源厅成立
根据《中共中央、国务院关于新疆维吾尔自治区党政机构改革方案的通知》（中委 〔2000〕 138 号）精神，原自治区土地管理局、地质矿产厅和测绘局合并组建自治区国土资源厅。其中自治区测绘局为独立的副厅级事业局，履行行政管理职能，归属自治区国土资源厅管理。对自治区地质矿产勘查开发局实行归口管理和行业管理，对自治区有色地质勘查局、煤田地质局、国家建材中心新疆总队、武警黄金八支队、核工业216大队，以及具有地质勘查、资源开发资质的单位（部门）实行行业管理。
自治区国土资源厅对新疆生产建设兵团国土资源局实行业务领导；对新疆军区土地管理局、乌鲁木齐铁路局以及新疆油田、塔里木油田、吐哈油田等用地单位和部门的土地管理工作实行业务指导。
自治区国土资源厅协助自治区各地（州、市）党委管理其国土资源主管部门的领导班子和领导干部。
2000年8月5日，新疆维吾尔自治区国土资源厅挂牌成立。
（一）主要职责
根据《自治区人民政府办公厅关于印发新疆维吾尔自治区国土资源厅职能配置、内设机构和人员编制规定的通知》（新政办〔2001〕 2号）文件，自治区国土资源厅是主管全区土地资源、矿产资源等自然资源规划、管理、保护与合理利用工作的自治区人民政府职能部门。其主要职责是：
（1）贯彻执行国家有关土地、矿产的方针政策、法律法规，拟定自治区有关土地、矿产资源管理的地方性法规、规章并组织实施和监督检查；组织制定自治区国土资源改革与发展的战略、方针和政策；研究拟定自治区管理、保护与合理利用土地资源、矿产资源的政策；制定自治区土地资源、矿产资源管理的技术标准、规程、规范和办法。
（2）组织编制和实施自治区国土规划、土地利用总体规划、矿产资源规划和其他专项规划；编制年度土地利用计划并组织实施；参与报自治区人民政府审批的城市总体规划的审查；审核、指导各地（州、市）、县（市）国土规划、土地利用总体规划和矿产资源规划；管理土地、矿产资源的调查评价工作；编制矿产资源保护与合理利用规划、地质灾害防治与地质遗迹保护规划；指导、参与编制地质勘查规划并负责监督实施。
（3）监督检查各级国土资源行政主管部门行政执法和土地、矿产资源规划及其他专项规划的执行情况；依法保护土地、矿产资源所有者和使用者的合法权益，调处重大权属纠纷，查处土地资源、矿产资源重大违法案件。
（4）拟定实施自治区耕地特殊保护和鼓励耕地开发政策，实施农用地用途管制；组织基本农田保护，指导未利用土地开发、土地整理、土地复垦和开发耕地的监督工作，确保耕地面积只能增加、不能减少。
（5）统一管理自治区城乡地籍、地政工作，主管自治区土地调查、统计、定级、登记发证、年检和土地确权勘界工作；建立自治区国土资源管理信息系统，对土地利用现状进行动态监测。
（6）拟定并按规定组织实施有关土地使用权出让、租赁、作价出资、转让、交易和政府收购的管理办法；制定和实施乡（镇）、村用地管理办法，指导农村集体非农土地使用权的流转管理；依法统一管理和监督土地资产、土地市场。
（7）指导基准地价、标定地价评测；按规定审定评估机构从事土地评估的资格，确认土地使用权价格；承担报国务院和自治区人民政府审批的各类用地审查报批工作和建设用地管理。
（8）依法管理矿产资源探矿权、采矿权的审批登记发证和转让审批登记；审定评估机构从事探矿权、采矿权评估的资格；负责培育矿业权市场并指导矿业权依法流转；负责调处地质矿产勘查和重大采矿权权属争议、纠纷。
（9）负责对地质矿产勘查、矿产资源开发、利用和保护进行监督管理；负责矿产资源储量管理和地质资料汇交管理；依法实施地质勘查行业管理，审查确定地质勘查单位资格，管理地质勘查成果；依法管理矿产资源补偿费的征收和使用。
（10）负责地质环境、地质遗迹的保护和管理，组织对地质环境、地质灾害进行监测，防治地质灾害；依法管理水文地质、工程地质、环境地质勘查和评价工作；负责全区地质环境监测站、网的统一管理，监测、监督防止地下水的过量开采与污染；认定具有科学研究和观赏价值的古生物化石及产地、标准地质剖面等地质遗迹并实施保护。
（11）安排并监督检查国家和自治区财政拨给的国土资源工作经费及其他资金的使用，会同有关部门安排并监督使用自治区耕地开垦专项资金。
（12）负责并指导自治区土地资源、矿产资源的对外交流与合作。
（13）承办自治区人民政府交办的其他工作。
（二）内设机构和工作部门
（1）国土资源厅设13个职能处室：办公室、政策法规处、规划处、财务处、耕地保护处、地籍管理处、土地利用管理处、地质勘查处、矿产资源储量处、矿产开发管理处、地质环境处、科技外事（宣传）处、组织人事教育处。
（2）国土资源厅设5 个工作部门：机关党委、纪检组（监察室）、厅工会工作委员会、老干部工作处、自治区处理土地纠纷领导小组办公室。
（三）直属单位
自治区国土资源厅执法监察局、厅机关服务中心、自治区国土资源规划研究院、自治区国土资源信息中心、自治区征地事务中心、自治区土地整理中心、自治区地质环境监测院、自治区国土资源咨询研究中心、自治区矿产资源储量评审中心、自治区矿产资源补偿费征收办公室、自治区国土资源管理干部培训学校。
（四）挂靠的社会团体
自治区土地学会、自治区地质学会、自治区矿业联合会、自治区土地估价师协会、自治区观赏石协会。
二、2004年管理体制改革
（一）增加的主要职责
根据《自治区机构编制委员会关于调整自治区国土资源厅职能配置、内设机构和人员编制等有关问题的通知》（新机编字〔2004〕 108号）文件，国土资源厅增加的主要职责：
（1）负责报自治区人民政府核定的乡（镇）土地利用总体规划和报自治区人民政府批准修改或调整的乡镇土地利用总体规划的审核工作。
（2）监督检查自治区以下各级人民政府及其国土资源主管部门执行和遵守国土资源管理法律法规情况，并依法查处违法行为。
（3）负责地（州、市）国土资源主管部门领导班子的配备、调整，干部考察、考核、任免、调动、交流，领导班子的思想作风建设等干部队伍管理工作。
（二）增加的内设机构
国土资源厅增设：审计处、建设用地管理处、执法监察处。
（三）加增的直属单位
自治区国土资源执法监察总队（副厅级）。
（四）国土资源管理体制改革
根据《国务院关于做好省以下国土资源管理体制改革有关问题的通知》（国发 〔2004〕 12 号）和《关于印发新疆维吾尔自治区国土资源管理体制改革实施意见的通知》（新政办 〔2004〕 162号）精神，地（州、市）、县（市）国土资源管理部门由同级人民政府（行政公署）的组成部门，调整为同级人民政府（行政公署）的工作部门。
根据《自治区编委关于自治区国土资源执法监察机构有关问题的通知》（新机编字 〔2004〕 99 号）文件精神，为建立健全自治区国土资源执法监察体制，强化国土资源执法力度。自治区以下国土资源执法监察机构实行垂直管理，统一履行自治区国土资源执法监察职能。自治区成立国土资源执法监察总队，地（州、市）成立国土资源执法监察支队，县（市）成立国土资源执法监察大队。
（五）国土资源干部管理体制
根据《中共中央组织部关于调整省级以下国土资源主管部门干部管理体制的通知》（组通字 〔2004〕 22 号）和自治区党委组织部《关于调整自治区国土资源系统干部管理体制的实施意见》（新党组通字 〔2004〕 50 号）文件，全区各地（州、市）、县（市）国土资源主管部门的领导干部实行双重管理体制，以上一级国土资源管理部门党组管理为主，地方党委协助管理。
三、国土资源队伍
（一）国土资源管理部门人员概况
截至2005年底，自治区、地（州、市）、县（市）三级国土资源部门（不含五家渠市、阿拉尔市、图木舒克市国土资源管理部门）实有工作人员6958人。其中，行政管理部门3559人，直属事业单位917人，乡（镇）国土资源所2482人（见附表1）。自治区国土资源管理人员学历构成见图1-1。
图1-1 自治区国土资源管理人员学历构成2005年与2000年对比图
（二）国土资源执法监察队伍概况
自治区国土资源执法监察总队，依照国家公务员制度管理。总队机关内设3个处室，即办公室、执法监察一处、执法监察二处。
截至2005年底，全区14 个地（州、市）国土资源执法监察支队、85个县（市）国土资源执法监察大队全部组建完毕。共有工作人员 502 名，学历构成为：大专以上学历 468 人，占总数93.2%；中专学历34人，占总数6.8%。
四、乡（镇）国土资源所建设
为了改善乡（镇）国土资源所基础设施条件，提高执法监察、监测网络能力，经自治区发展计划委员会批准，按照《关于自治区乡（镇、场）国土资源所执法监察、监测网络能力基础设施和自治区国土资源执法监察总队执法能力项目建设规划的批复》（新计地区 〔2005〕 239 号文），计划投资 19040 万元，用于乡镇（场）国土资源所基础设施建设。国土资源厅制订了《自治区乡（镇）国土资源所执法监察、基础设施建设方案》，在英吉沙县、温泉县、布尔津县开展了国土资源所建设试点。
五、国土资源管理干部培训
“十五”期间，为优化管理队伍的知识结构和专业结构，提高管理人员的思想政治水平和业务工作能力，大力开展国土资源管理干部培训和鼓励工作人员参加提高学历的学习。全系统有3343 人参加各类理论学习班学习，其中648人参加了自治区各级党校组织的理论学习，194人参加行政学院的管理知识学习；有1806 人获取学历证书（见附表2）；举办各类培训65 个班次，有6070 人次参加了学习（见附表3）。