菩提祖师消失是因为教完孙悟空本领以后任务完成自然就走了。
菩提祖师最终的归途，菩提祖师在传授完孙悟空之后，自然会回到灵山，那灵台方寸山自然也就不复存在了，所以这也是为什么孙悟空大闹天宫的时候，只有如来能制服他的原因，因为如来对他真的是知根知底，所以动动手指就能将其制服。
菩提祖师对孙悟空的意义：
菩提祖师作为孙悟空真正意义上的师父，对孙悟空来说真的是意义重大的，如果不是他教给了孙悟空本领，恐怕他一直也就只能是一只出身非凡的石猴而已，的确是有一些本事，但是本事不是特别的强大，在花果山混混日子，最后死了就被阎王爷收走了。