基础医学院（仲景学院）开设有中医学（“5+3”一体化）、中医学（“5+3”一体化，儿科学）、预防医学、临床医学、食品卫生与营养学等本科专业；药学院开设有中药学、药学、药物制剂、制药工程、中药制药、生物工程、中药资源与开发等本科专业；第一临床医学院开设有中西医临床医学、医学检验技术、中医儿科学等本科专业；第二临床医学院、骨伤学院开设有中医学、医学影像技术、中医养生学、中医骨伤科学等本科专业；第三临床医学院、针灸推拿学院开设有针灸推拿学本科专业和针灸推拿专科专业（单独考试招生）；护理学院开设有护理学、护理学（民族传统体育与保健英语方向）、护理学（中外合作办学）（与意大利锡耶纳大学合作）等本科专业；康复医学院开设有康复治疗学、中医康复学等本科专业；管理学院开设有市场营销、公共事业管理（卫生事业管理方向）、文化产业管理、应用心理学、健康服务与管理、公共事业管理（健康保险方向）等本科专业；外语学院开设有英语、汉语国际教育等本科专业；信息技术学院开设有计算机科学与技术、信息管理与信息系统、软件工程、医学信息工程等本科专业；国际教育学院开设有中医学（海外办学项目）（与马来西亚管理与科学大学合作）本科专业；体育学院开设有运动康复本科专业。
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