1、网络自身有局限性
2、搜索功能不够完善
当在网上购物时，用户面临的一个很大的问题就是如何在众多的网站找到自己想要的物品，并以最低的价格买到。
搜索引擎看起来很简单：用户输入一个查询关键词，搜索引擎就按照关键词到数据库去查找，并返回最合适的Web页链接。但根据NEC研究所与Inktomi公司最近研究结果表明，目前在互联网上至少10亿网页需要建立索引。而现有搜索引擎仅仅能对5亿网页建立索引。仍然有一半不能索引。这主要不是由于技术原因，而是由于在线商家希望保护商品价格的隐私权。因此当用户在往上购物时，不得不一个网站一个网站搜寻下去，直到找到满意价格的物品。
3、用户消费观念跟不上
电子商务与传统商务方式一个很大的不同是交易的当事人不见面，交易的虚拟性强，这就要求整个社会的信用环境要好，信用消费的观念要深入人心。
西方国家的电子商务发展势头比较好，一个重要的原因是西方的市场秩序比较好，信用制度比较健全，信用消费观念已被人们普遍接受。然而在我国，一方面人们信用消费的意识非常薄弱，信用卡的使用远没有普及；另一方面，人们到商场还怕买到假冒伪劣产品，更何况是在不知道离自己多远的网上？
4、交易的安全性得不到保障
电子商务的安全问题仍然是影响电子商务发展的主要因素。由于Internet的迅速流行，电子商务引起了广泛的注意，被公认为是未来IT业最有潜力的新的增长点。然而，在开放的网络上处理交易，如何保证传输数据的安全成为电子商务能否普及的最重要的因素之一。
调查公司曾对电子商务的应用前景进行过在线调查，当问到为什么不愿意在线购物时，绝大多数的人的问题是担心遭到黑客的侵袭而导致信用卡信息丢失。因此，有一部分人或企业因担心安全问题而不愿使用电子商务，安全成为电子商务发展中最大的障碍
5、电子商务的管理还不够规范
电子商务的多姿多彩给世界带来全新的商务规则和方式，这更加要求在管理上要做到规范，这个管理的概念应该涵盖商务管理、技术管理、服务管理等多方面，因此要同时在这些方面达到一个比较令人满意的规范程度，不是一时半时就可以做到的。另外
电子商务平台的前后端相一致也是非常重要的。前台的Web平台是直接面向消费者的，是电子商务的门面。而后台的内部经营
管理体系则是完成电子商务的必备条件，它关系到前台所承接的业务最终能不能得到很好的实现。一个完善的后台系统更能体现一个电子商务公司的综合实力，因为它将最终决定提供给用户的是什么样的服务，决定电子商务的管理是不是有效，决定电子商务公司最终能不能实现赢利。
6、税务问题
税务（包括关税和税收）是一个国家重要的财政来源。由于电子商务的交易活动是在没有固定场所的国际信息网络环境下进行，造成国家难以控制和收取电商务的税金。
7、标准问题
各国的国情不同，电子商务的交易方式和手段当然也存在某些差异，而且我们要面对无国界、全球性的贸易活动，因此需要在电子商务交易活动中建立相关的、统一的国际性标准，以解决电子商务活动的互操作问题。中国电子商务目前的问题是概念不清，搞电子的搞商务，搞商务的搞电子，呈现一种离散、无序、局部的状态。