外贸企业用于退税的专票应该在认证后填写在附表二的第26、27栏，等正式申请退税后再填写在第28栏抵消。
外贸企业，采用免退办法办理出口退税，根据财税2012 39、国税公告2012 24号的要求，已申报抵扣的发票不得作为退税凭据，即不得“一票两用”。那么外贸企业对于用于退税发票的进项税额如何处理呢？
实务中有两种处理方式：
一是大部分地区采用的待抵扣处理，即认证后发票金额和进项税额填列在附表二第26、27栏，等正式申报退税后再通过第28栏抵消；二是上海、河北、陕西等地区所采用的先抵扣再转出的办法。
一、待抵扣处理
对于外贸企业退税的进项税额通过待抵扣处理，原国税函2008 1075号文是有明确的规定的，即因按照税法规定暂不予抵扣及按照税法规定不允许抵扣，包括外贸企业购进用于进出口的货物。该文被在2016年发布的国税公告2016 34号废止掉了。
现在我们对增值税申报表的填写是按国税公告2016 13号的规定填写申报表的：第26栏“本期认证相符且本期未申报抵扣”：反映本期认证相符，但按税法规定暂不予抵扣及不允许抵扣，而未申报抵扣的增值税专用发票情况。那么外贸企业取得用于退税的专票是不是按税法规定不允许抵扣的呢？显而易见是属于的，财税2012 39号要求外贸企业应单独核算出口货物的库存和进项税，若购进时无法确认是否用于出口的，也暂按出口货物核算；同时国税公告2012 24号规定，已申报抵扣的发票不得办理退税。也就是说，出口退税政策已经规定了外贸企业用于退税的进项是不能抵扣的(除非购进时就知道该业务是内销，或是直接视同内销征税的，那么可以直接认证抵扣，其他情况则需要开具《出口货物转内销证明》来抵扣原未抵扣的进项税)
追答另外外贸看下进项转出的附表二第13-23栏的填写要求，第13栏“本期进项税额转出额”：反映已经抵扣但按规定应在本期转出的进项税额合计数。进项转出是指已抵扣进项的货物服务等，发生了用于不能抵扣等项目时需做转出的情况。外贸企业用于出口退税的进项很显然属于按税法规定不允许抵扣的，而不是可以先抵扣再转出的情况。
二、先抵扣再转出
上海、陕西、河北等地多采用这种方式，即发票认证后直接申报抵扣，同时再再附表二第14栏做进项转出。根据上面的分析，这种操作是不符合退税要求的，但却有很多地区和企业采用这种方法，因为这种操作简单，也与记账能对应起来。
但是该种操作具有两点风险：一是抵扣了忘记操作转出，国税公告2012 24号规定已抵扣的不得退税，对于忘记做进项转出的外贸企业来说，抵扣了，还又申请了退税，这是不允许的；二是对于那些有内销的外贸企业来说，这种做法有时候会使外贸企业先用出口的进项抵扣内销的销项，让企业打时间差。这两种风险都是要注意的。
对于实务操作时，还需要结合当地的政策，如上海，人家税局就是要求非要先抵扣再转出，那咱们企业也没必要较真，那么就按照税局要求填写好了；还有一些地区对于非辅导期纳税人不允许填写第25、26、27栏，对于这样的那么也只能先抵扣再转出了。只是在采用先抵扣后转出时，一定要注意申报抵扣当月同时做转出处理，不要跨月或忘记转出了，造成该发票即抵扣了还用于退税。