采用各种脱毒技术获得无病毒苗后，其植株是否已经真正脱毒，还需进行病毒的鉴定与检测，确认完全脱毒后才可进一步扩大繁殖。草莓病毒的鉴定检测方法有指示植物小叶嫁接法和实验室检测法。其中最常用的检测方法为指示植物小叶嫁接法。
（1）指示植物小叶嫁接法 此方法是用林丛草莓中的UC-4、UC-5、UC-6和深红草莓中的UC-10、UC-11 、UC-12、EMC等作为指示植物，将待检测植株带叶柄的叶片嫁接到检测植株上，观察指示植物新生叶片的发病情况。
①指示植物的准备：将指示植物栽培在具有防虫网的室内，以隔离昆虫，防止病毒的传播。对指示植物抽生的健壮匍匐茎苗要栽入花盆，进行精细管理，使进一步健壮生长发育。如果全年均需要进行病毒鉴定，要在9月上、中旬温度降低后将盆栽苗移入温室中，防止休眠，以保持其全年均处于生长状态，准备随时进行病毒检测。如果要在2月中、下旬以后进行病毒鉴定，可将子苗假植于室外，土壤结冻前移至0℃以上的低温环境中渡过休眠期，1月上旬在温室内盆栽，生长30天左右即可嫁接鉴定。
②嫁接：嫁接时先从待检植株上采集完整、成熟的三片复叶，剪掉三片复叶的左右两片小叶，将中央小叶带1～1.5厘米长的叶柄，用锐利刀片把叶柄削成楔形作为接穗；选生长健壮的指示植物叶片，剪除中间小叶，在两小叶叶柄中间向下纵切1条长约1.5～2厘米的切口，插入削好的接穗，用塑料薄膜条包扎。每株指示植物至少嫁接两个待检接穗。嫁接后把整个花盆罩上塑料袋，进行保温保湿，以提高成活率。嫁接苗在25℃背阴处放置1～2天后移至阳光下，1周后去掉塑料袋。待检接穗和指示植物完全愈合，一般需经过14～20天（秋）或25～30天（春、冬）。嫁接小叶成活后，不断剪去未嫁接的老叶，定期观察新长出叶上的症状表现，以出现的典型症状判别是否仍带有病毒，观察时间可连续1.5～2个月，以确认其是否脱毒。
但是，不同病毒病在指示植物上症状出现的早晚不同，最早为草莓斑驳病毒，一般在嫁接成活后7～14天；其次是草莓镶脉病毒和草莓轻型黄边病毒，分别于嫁接15～30天和24～37天后表现症状。草莓皱缩病毒通常在嫁接成活后39～57天才能表现出来。症状总是先出现在新展开叶片上，然后再在老叶上出现。不同指示植物对病毒症状反应不一，UC-4对斑驳病毒、皱缩病毒和轻型黄边病毒有很好的检测效果，UC-5对多种病毒敏感性较高，UC-10则不能检测斑驳病毒；EMC检测范围广泛，是斑驳病毒、轻型黄边病毒理想的指示植物。
（2）实验室检测法 通过酶联免疫吸附法（ELISA）、双链RNA（dsRNA）分析法、聚合酶链式反应（PCR）和电镜技术，可直接检测感病组织中病毒或核酸的存在。其中以酶联免疫吸附法（ELISA）应用较为普遍。