秦可卿一下凡就是个弃婴，被养生堂收养。营缮郎秦业因当年无生育，便向养生堂抱养了她，给她起了个小名唤可儿。同时抱养的还有一个男婴，但是没能养活。秦业五旬之上生了秦钟，就是秦可卿的弟弟。秦业为官清廉，宦囊羞涩，家境清寒。且为人正派，家风清肃，十分重视对秦可卿姊弟俩的教育。
秦可卿长成个大美人，因父亲素与贾家有些瓜葛，故结了亲，嫁给贾珍之子贾蓉为妻 ，所以脂砚斋评她“贫女得居富室” 。原著特别交代她的小名贾府从无人知道，意味着她出身养生堂的秘密被秦业隐瞒得好好的，贾府始终相信她是秦业的亲生女儿。
秦可卿嫁入贾府后，获得了合族上下的同声赞美。尤氏护着她，贾母怜惜她。凤姐与她感情尤深，时常去找她说话。每逢此时，宝玉也屁颠屁颠跟着。有一次，贾珍之妻尤氏请贾母、王夫人等赏梅，宝玉要睡午觉，秦可卿请缨去安排。宝玉在她的卧房里梦入太虚幻境，警幻仙子将她许配与宝玉，意欲让宝玉领略人间仙界第一等美色，从此看破男女之情，回归孔孟经济正路。二人即时成亲，柔情缱绻，软语温存，难解难分，忽至迷津而惊醒，失声喊叫“可卿救我”。秦可卿正在房外嘱咐小丫头们好生看着猫儿狗儿打架，忽然听见宝玉在梦中唤她的小名，心里纳闷，又不好细问 。 因贾珍溺爱，秦可卿享受到异常奢侈的生活，以致体弱多病。她的私生活也很混乱，焦大骂她“爬灰的爬灰，养小叔子的养小叔子”；父亲秦业疏远她；大总管赖二违令派焦大送秦钟回家，借刀焦大醉骂令她难堪；秦钟在外受金荣欺负，金荣的姑妈璜大奶奶还欺上门来，气势汹汹要找她评理，虽然尤氏替她挡过一劫，但是她已因焦大醉骂、流言蜚语、闹学堂而种下心病，暗生闷气，茶饭不思。
那年七月，秦可卿月经后期。中秋节，她还跟着贾母、王夫人玩了半夜。到了二十日后，一天比一天觉懒了。截至九月初，经期有两个月没来，疑患妇科病和抑郁症，一病不起。此病事关名节，请来的三四位太医都不能确诊，亦不敢从容用药，耽误了病情。后来虽有民间神医张友士看病开方，但为时已晚。九月半，贾敬生日，凤姐探病，宝玉伤心流泪。冬至交节的那几天，贾母、王夫人、凤姐天天派人去看她。腊月初二，凤姐最后一次探病 ，大约就在当天夜交三鼓的时分（23时许）殒命 ，宝玉悲痛吐血。她在临死前托梦给凤姐，赞凤姐是个脂粉队里的英雄；嘱咐贾府后事二件，一是祭祀产业，二是家塾供给；预言元春喜事；预警贾府末世及金陵十二钗悲剧。 秦可卿丧礼极尽奢华，停灵七七四十九日，宁国府街上一条白漫漫人来人往，花簇簇官来官去。看板时几副杉木板贾珍皆不满意，到底买下了薛家木店里的一副出自潢海铁网山，原是给义忠亲王老千岁准备的樯木板，贾政谏言说以秦可卿的身份不配享用此物，贾珍也不肯听。为了丧礼上风光些，贾珍又从大内红人戴权手上为贾蓉捐了个龙禁尉的前程，还特地请了凤姐协理。更有六公、四王等当朝显贵都来设祭送殡。出殡后寄灵于贾府家庙铁槛寺。
秦可卿的丧礼埋伏一系列重大祸患：丫鬟瑞珠触柱而亡，宝珠请愿自任义女，出殡后守灵铁槛寺；凤姐在铁槛寺弄权；最严重的是贾珍擅用潢海铁网山樯木板，接上了后来贼寇入室抢劫、海疆戡乱一条线索。
秦可卿死于腊月初二，她的丧礼却在翌年八月，间隔达九个月 ；从她的病情来看，似乎是病逝，从她的判词、曲子及对鸳鸯的自述来看，似乎又是自缢。她的死所以成为红学悬案。 秦可卿死后显灵两次，一次在大观园责问凤姐辜负了当年的嘱托，一次教鸳鸯自缢，引入太虚幻境。宝玉梦入真如福地（太虚幻境的幻象），见到她与众女儿在一起。全书结尾处，贾政、贾蓉扶贾母、秦可卿、凤姐、鸳鸯、黛玉灵柩回南安葬。
