（一）办公室(党委办公室)。
负责文电、会务、机要、档案等机关日常运转工作；承担综合性报告、文件起草和政务公开、保密、信访等工作；指导交通运输行业应急处置体系建设。
（二）政策法规处。
起草交通运输业地方性法规、规章草案；承担行政执法人员培训和考核工作；承办交通运输业行政执法、行政复议与行政应诉工作；承担交通运输业有关规范性文件的合法性审核工作；承担新闻宣传工作；指导交通运输业体制改革工作。
（三）综合规划处（交通战备办公室）。
承担交通运输业发展战略研究和编制交通运输中长期发展规划及年度计划，并对交通基础设施建设、养护计划执行情况进行监督检查；承担交通建设大中型项目的行业审查和报批工作；承担交通建设重点工程后评价工作；承担交通战备、交通环保、外资引进和交通运输业统计等工作。
（四）财务处。
拟订公路、水路行业有关投融资政策；承担专项资金、非税收入、外汇、信贷、利用外资、政府采购初审等有关工作；编报本部门预算、决算，负责机关和直属单位的财务会计制度建设、资金（资产）管理与监督以及绩效评价工作；指导交通运输业会计核算、财务管理工作。
（五）基本建设管理处。
承担公路、水路交通基础设施建设市场监管工作；拟订公路及水路的建设、维护等有关管理制度和技术标准并监督实施；承担公路及水路工程质量和安全管理工作；承担交通建设工程技术标准、规范、定额等管理工作；承办勘察、设计、施工、工程咨询监理单位的资格审核及管理工作；承担大中型公路、水路工程初步设计、施工设计图审核及竣工验收工作；指导农村公路建设工作。
（六）安全监督处。
承担水上交通安全和交通运输企事业单位的安全生产监督管理工作；拟订交通运输业安全生产、劳动保护规章制度并监督执行；对安全事故进行统计分析，参与重特大事故的调查处理。
（七）科技教育处。
拟订交通运输行业科技、教育、信息化发展规划和计划；实施重大交通科技项目攻关、技术引进和开发、科技成果鉴定、推广应用等工作；承担交通运输业信息化、节能减排、技术标准、质量和计量管理工作；指导交通运输业成人教育、职业技术教育工作。
（八）审计处。
承担交通建设项目和建设资金的审计及监督工作；开展所属单位的财务收支审计、管理审计、经济效益审计以及重要经济事项的专项审计和审计调查工作；承办厅管干部的经济责任审计工作；指导协调交通运输业内部审计工作。
（九）人事处。
承担厅机关及直属单位的机构编制和干部人事管理工作；承办专业技术职务评聘及技工考评工作；承办统战、出国（境）审查、社团管理等相关工作。
机关党委 负责机关及直属单位党群工作和目标绩效管理工作。设置机关党委办公室。
离退休干部处 负责机关离退休干部工作。指导直属单位离退休干部工作。
纪检监察机构 省监察厅派驻省交通运输厅监察室，与中共贵州省交通运输厅纪律检查委员会合署办公，行政编制5名。其中，纪委书记1名，副书记（监察室主任）1名，监察室副主任1名。
