有区别。
1、简称不同。福建医科大学附属第一医院，简称附一；福建医科大学附属福州市第一医院简称福州市一。
2、建立时间不同。福建医科大学附属福州市第一医院是一所具有百年历史和光荣传统的公立医院。福建医科大学附属第一医院创建于1937年，是综合性三级甲等医院。
3、所属不同。福建医科大学附属第一医院属于省级医院，而福建医科大学附属福州市第一医院，属于市级医院。
福建医科大学附属福州市第一医院是一所公立医院。其前身系一八九八年英国圣公会创办的福州柴井基督医院。1952年由政府接办至今有110年历史，，“十二五”规划确定在现址改扩建后床位增加至1500张，同时在福州东部新成征地建设2000张床位新院。
福建医科大学附属第一医院创建于1937年，是综合性三级甲等医院。2018年12月4日，被国家卫健委公布为首批肿瘤多学科诊疗试点医院。医院有临床、医技科室60个，设有健康体检中心、台胞医疗服务中心和福建医大附一护养中心。