有机官能团的命名顺序是：羧酸（-COOH）> 磺酸（-SO3H）> 羧酸酯（-COOR）> 酰卤（-COX）> 酰胺（-CONH2）> 腈（-CN）> 醛（-CHO）> 酮（-CO-）> 醇（-OH）> 硫醇（-SH）> 酚（-PH）> 硫酚（-SH）> 胺（-NH2）> 炔烃（-C≡C-）> 烯烃（-C=C-）> 醚（-OR）> 硫醚（-SR）> 卤代烃（-F, -Cl, -Br, -I）> 硝基化合物（-NO2）。当有机物含有多个官能团时，应以最优先的官能团为主官能团，其他官能团作为取代基。
习惯命名法，也称为普通命名法，适用于结构简单的烷烃。命名方法如下：对于直链烷烃，用“正”表示，根据碳原子数目命名为正某烷。碳原子数目1至10分别用甲、乙、丙、丁、戊、己、庚、辛、壬、癸表示；超过10个碳原子时，使用小写中文数字。对于具有(CH)CH-结构的末端烷烃，用“异”表示。“异”字也可用“i-”或“iso”表示。对于含有5或6个碳原子且末端具有(CH)C-结构的烷烃，用“新”表示。“新”字也可用“neo”表示。
常见官能团如烯烃、醇、酚、醚、醛、酮等，它们是决定有机化合物化学性质的关键原子或原子团。有机化学反应主要发生在官能团上，官能团对有机物的性质起决定作用。例如，官能团-X、-OH、-CHO、-COOH、-NO2、-SO3H、-NH2、RCO-决定了有机物中的卤代烃、醇或酚、醛、羧酸、硝基化合物或亚硝酸酯、磺酸类有机物、胺类、酰胺类的化学性质。
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