南京市三甲医院有：
1. 南京大学医院
2.南京医科大学附属医院
3.南京市第一医院
4.南京市中西医结合医院等。
解释如下：
南京市拥有众多三甲医院，这些医院在医疗技术、服务水平等方面均处于行业前列。其中，南京大学医院是一家综合性的三甲医院，以其高水平的医疗服务和科研能力著称。南京医科大学附属医院也是南京市知名的医疗机构，拥有先进的医疗设备和专业的医疗团队。
南京市第一医院在多个医学领域都有深厚的专业积累，为市民提供高质量的医疗服务。南京市中西医结合医院则擅长中西医结合的治疗方法，为病人提供多元化的治疗选择。除此之外，南京市还有其他三甲医院，如江苏省人民医院等，都为市民提供全面的医疗服务。这些医院在南京市乃至江苏省的医疗卫生事业中发挥着重要作用。