胚胎停止发育的原因多种多样，包括自身免疫抗体、内分泌异常、感染以及其它因素。首先，自身免疫抗体如抗精子抗体（ASAB）和抗子宫内膜抗体（EMAB）可能通过破坏血管内皮细胞、干扰着床及胎盘形成，导致血供不足或胎盘异常，从而引发胎停育。抗精子抗体的产生可能与人工流产后的局部炎症有关，而精浆中的免疫抑制物不足则可能引起受精卵发育异常。
内分泌系统异常也会影响妊娠过程。例如，高泌乳素（PRL）过多会抑制促性腺激素，影响卵泡发育和排卵，从而影响受精和胚胎发育。孕激素（P）的不足则可能由于黄体功能不全导致，这对胚胎的正常发育至关重要。宫颈支原体感染（UU）可通过垂直传播影响胚胎发育，增加流产风险。
此外，染色体异常是导致胎停育的常见原因，如平衡易位可能导致遗传效应，包括流产、智力低下和畸形。精子异常，如密度和活力降低，也是不育夫妇需要关注的问题，治疗精子异常后再尝试妊娠更为合适。
胚胎是专指有性生殖而言，是指雄性生殖细胞和雌性生殖细胞结合成为合子之后，经过多次细胞分裂和细胞分化后形成的有发育成生物成体的能力的雏体。胚胎指的就是有性繁殖发展形成过程的最初阶段，从受精卵开始第一次分裂，到下一阶段发展开始前，是发育生物学最早的阶段。