1、前者是内设机构，属于中纪委的内部机构，不具有独立的行政权力，但是可以以中纪委名义对中纪委授权范围内的事项进行调查。而后者是中纪委的派出机构，本身已经中纪委授权对所驻单位进行调查，并且这种调查可以以自己的名义进行。也就是说，不能说中纪委某某室对某项问题进行了查处，只能说中纪委对某项问题进行了查处，但是可以说中纪委驻某部纪检组对某项问题进行了查处。
2、前者只有一个上级，就是中纪委，其职权范围是由中纪委进行授权，往往不止一个单位。而后者有两个上级，由中纪委和所驻单位的党委（党组）共同管理，派驻机构负责人往往是所驻单位的党组成员，职权范围也比较窄，往往仅仅涉及所驻单位及所驻单位的下级单位。
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