1.地块价格不同。保障房中，公租房、廉租房和经适房地块是划拨的，开发商只需要出钱把拆迁问题解决了就行。而两限房和自住房用地都是要通过招拍挂完成的。保障房的土地成本通常会摊到自住房、商品房上。
2.限价层次不同。一般来说，保障房价格比较低，自住房价格相对较高，而且跟定周边房价，随市场浮动定价。不过，自住房的定价原则比较明确。
3.购房客户不同。保障房严格限定了户口、收入和家庭资产，而且名下无房或人均住房面积特别小，低于一定数值，范围较小。即便如此，也有很多人在轮候，保障房始终是供不应求的。自住房则没有做出对收入和财产有过多限定。只要符合限购政策的客户都可以。不过，京籍无房和保障房轮候家庭优先。仅这两类人就有30万人以上。
4.二次交易的溢价收入分成不同。这个前面已经介绍了。主要是两限房和自住房有明显区别。不管怎么说，自住型商品房的属性是商品房，是商品房就得允许二次交易，就有财产属性。
5.自住房适当兼顾改善型居住需求。位于远郊区、价位相对较低的自住房，都有超过100平米的三居室大户型。最大的户型甚至做到了135平米的四居室。这样做，可以满足多人口家庭的基本居住需求，也可以满足三口之家的改善型居住需求。
6.地理区位有不同。保障房的保障对象一般经济条件薄弱，理论上有车族不多，因此主要布局在轨道交通沿线，距离轨道交通站点周边比较近。自住房的购买客户主要是“夹心层”，有一定经济实力，很多人都有车，在地理位置布局上更多考虑靠近高速公路、一级公路或环路附近，距离轨道交通站点都不算近。
法律依据:
《经济适用住房管理办法》
第一条 为改进和规范经济适用住房制度，保护当事人合法权益，制定本办法。
第二条 本办法所称经济适用住房，是指政府提供政策优惠，限定套型面积和销售价格，按照合理标准建设，面向城市低收入住房困难家庭供应，具有保障性质的政策性住房。
本办法所称城市低收入住房困难家庭，是指城市和县人民政府所在地镇的范围内，家庭收入、住房状况等符合市、县人民政府规定条件的家庭。
第三条 经济适用住房制度是解决城市低收入家庭住房困难政策体系的组成部分。经济适用住房供应对象要与廉租住房保障对象相衔接。经济适用住房的建设、供应、使用及监督管理，应当遵守本办法。
第四条 发展经济适用住房应当在国家统一政策指导下，各地区因地制宜，政府主导、社会参与。市、县人民政府要根据当地经济社会发展水平、居民住房状况和收入水平等因素，合理确定经济适用住房的政策目标、建设标准、供应范围和供应对象等，并组织实施。省、自治区、直辖市人民政府对本行政区域经济适用住房工作负总责，对所辖市、县人民政府实行目标责任制管理。
第五条 国务院建设行政主管部门负责对全国经济适用住房工作的指导和实施监督。县级以上地方人民政府建设或房地产行政主管部门（以下简称“经济适用住房主管部门”）负责本行政区域内经济适用住房管理工作。
县级以上人民政府发展改革（价格）、监察、财政、国土资源、税务及金融管理等部门根据职责分工，负责经济适用住房有关工作。
第六条 市、县人民政府应当在解决城市低收入家庭住房困难发展规划和年度计划中，明确经济适用住房建设规模、项目布局和用地安排等内容，并纳入本级国民经济与社会发展规划和住房建设规划，及时向社会公布。
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