一、指代不同
1、16s rRNA：是细菌上编码rRNA相对应的DNA序列，存在于所有细菌的基因组中。
2、16s rDNA：为核糖体的RNA的一个亚基，16SrDNA就是编码该亚基的基因。
二、功能不同
1、16s rRNA：对于核糖体蛋白的固定起到脚手架的作用。3'末端包含反向的SD序列，用来与mRNA的AUG起始密码子结合。16S rRNA的3'端与S1、S21的结合被发现与蛋白质合成的开始有关系。与23S进行交互，帮助两个核糖体子单元的结合。
2、16s rDNA：有多个区段保守性，根据这些保守区可以设计出细菌通用物，可以扩增出所有细菌的16SrDNA片段，并且这些引物仅对细菌是特异性的，也就是说这些引物不会与非细菌的DNA互补，而细菌的16SrDNA可变区的差异可以用来区分不同的菌。
三、特性不同
1、16s rRNA：16S rRNA具有高度的保守性和特异性以及该基因序列足够长（包含约50个功能域）。随着PCR技术的出现及核酸研究技术的不断完善，16S rRNA基因检测技术已成为病原菌检测和鉴定的一种强有力工具。
2、16s rDNA：16SrDNA是细菌的系统分类研究中最有用的和最常用的分子钟，其种类少，含量大（约占细菌DNA含量的80%），分子大小适中，存在于所有的生物中，其进化具有良好的时钟性质，在结构与功能上具有高度的保守性，素有“细菌化石”之称
参考资料来源：百度百科-16SrDNA
参考资料来源：百度百科-16s rRNA
一、含义解释：
rRNA和rDNA都是生物体内的核酸分子，但它们的功能和位置不同。
rRNA（ribosomal RNA），即核糖体RNA，是位于细胞核和核糖体中的RNA分子，其功能为参与蛋白质合成的过程中，将mRNA（信使RNA）和tRNA（转运RNA）进行配对，使得蛋白质合成得以进行。
rDNA（ribosomal DNA），即核糖体DNA，是指编码rRNA分子的DNA序列。在真核生物中，rDNA通常由数百个重复序列组成，其中包括18S、5.8S、28S等不同大小的rRNA基因序列。
二、使用方法不同之处的对比：
三、具体用法举例：
rRNA的用例：
核糖体中的rRNA分子起着重要的蛋白质合成参与者的作用。
16S rRNA序列是一种常用于建立细菌系统分类关系的分子指标。
大肠杆菌的核糖体结构中包含了50多个蛋白质和3种rRNA分子。
rDNA的用例：
rDNA通常指的是真核生物中编码rRNA的DNA序列。
通过对不同物种的rDNA序列进行比对，可以研究它们的进化关系。
利用PCR技术扩增rDNA序列，可以用于物种的鉴定和分子生态学的研究。
四、充分全面的决策参考：
rRNA和rDNA在生物体内具有不同的位置和功能，但它们的存在和互相配合对细胞的生存和发展有着重要作用。在科研和教学中，常常需要运用到rRNA和rDNA的概念和研究方法。因此，我们需要深入理解它们的区别和应用。同时，还需注意到，rRNA和rDNA的研究已经广泛应用于许多领域，如分子生态学、分子系统学、生物医学等。在实践中，我们可以结合具体的应用领域，灵活使用rRNA和rDNA的知识和技
rRNA（ribosomal RNA）是细胞中的一类RNA，是构成细胞核糖体（核蛋白颗粒体）的主要组分，与蛋白质合成密切相关。rRNA可以分为大、小、中三种类型，它们结构不同，起到不同的功能作用。rRNA通过与蛋白质互相作用，形成核糖体而发挥转录和翻译过程中的重要作用。
rDNA（ribosomal DNA）是存在于生物体细胞中的一类DNA，它负责编码rRNA，是核糖体的基础组成部分。rDNA通过复制和转录过程产生rRNA，它在细胞质内构成核糖体，参与蛋白合成。rDNA序列在不同生物体中存在差异，可用于物种鉴定和分子进化方面的研究。
因此，rRNA和rDNA虽然具有一定的联系，但是它们代表着不同的分子类型，具有不同的生物学功能。