区别很多，最主要的区别：
1，如果当事人不是农村户口，就不能享受本村集体的利益分配，就不是本村集体经济的成员；
2，农村户口转城市户口相对来说容易，城市户口转农村户口限制很多；
3，目前我国已经在进行户籍改革，取消农村户口与城市户口是早晚的事。
一，农业户口优势
第一，农业户口最大的优势在于有宅基地和土地，若赶上拆迁的话，会有高额补偿款。
第二，有些地方农村户口的人，凡男的45岁以上、女的40岁以上，都买了养老保险，保费政府出1/3，村里出1/3，自己出1/3。因此，只要出很少一部分钱，男的到60岁，女的到55岁，每月就最低可以领到一定的养老金。相反，非农业户口的人如果没有工作，就必须自己买养老保险。
第三，有些地方医疗保险村里全包，不用出一分钱。如果生病住院，无论大人还是孩子，每年可报销一定的住院费。
第四，有些地方垃圾费、治安费等费用也不用自己出，全由村里出，在这一点上，比非农业户口有优势。
第五，有些地方农村义务教育全部免费。
第六，有些地方规定农村户口如果第一胎是女孩，可生第二胎，不罚款。
第七，有些地方现在村里凡有户口的，不论大小，每人每年能分红，但如果户口迁出，就不能参加分红了。
二，非农业户口优势
招工、失业待遇好。
1、招工：农民要想致富，企业上班是出路。可是企业在招工时原则上只考虑非农业户口，即使没有户口限制，也在主观上优先考虑非农业户口。
2、失业保险：非农业职工失业后，其享受失业保险金标准为本市最低工资标准的70%至90%，最长不超过2年;而农民工与企业终止或解除劳动关系时，其领取失业保险金的标准为本市职工最低工资的40%，根据单位为其连续缴费的时间，一次性支付本人，缴费每满1年发给1个月生活补助，最长不超过1年。
此外，非农业职工在享受失业待遇期间，可以享受国家和政府部门的多项优惠政策。比如：非农业职工办理失业手续后，如个人选择自谋职业的，持相关证明资料可以享受税收减免政策、免收办理个体营业执照手续费用等相关优惠政策。
非农业户口失业人员中的就业困难群体，选择自谋职业后，还可以享受国家社会保险政策补贴。
相对于非农业户口失业人员，农业户口职工失业后，这些相关优惠政策都不能享受。
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