首先要理解科学研究（基础研究，science)）跟工业界的工程项目开发（engineering）的区别，用最简单的词说，前者是know why，后者是know how。
化学科研工作者研究的是基本原理，例如怎么合成某种物质，某种物质的结构是什么样的，某种物质具有什么电子、光学、力学、磁学性质。化学工程师研究的是怎么实现这些基本原理，例如怎么设计化工厂的反应器，选择反应的温度、压强、催化剂。从基础知识来看，比如说量子力学对化学科研工作者的重要性远远超过对化学工程师，流体力学对化学工程师的重要性远远超过对化学科研工作者。
我们在学科上喜欢划分物理、化学、生物，这本来就有一定的历史主观性，这么划分基础是教学上的习惯和便利。然后人们在工程领域又习惯性地去延用学科划分，如称为“化学工程”、“生物工程”等等，所以你发现这些名称其实也只存在于大学专业中，因为它延用的思想仍然是教学上的习惯和便利。实际上，工程（engineering）既然以know how，办法和思路可以是很多种的，是无法界定必需或不需哪一门科学知识的，它的知识背景要求是交叉的。化学基础研究是为了发现或合成新物质。同时为了此目的，（所以）也要不断提高发现和合成新物质的手段，因此也包括研究新的化学检验原理和合成机理。化学科学研究成果集中体现在化学反应式上。化学反应式的特点是：只说明什么分子在什么条件下反应生成什分子。所以其实现需要纯物质理想的条件下才能发生，因此化学实验室的设计、化学实验的各种操作规范和流程，都是为了实现化学反应式的。杂质、扩散、传热等因素是不体现在反应式中的。实验室里会不惜一切代价去排除这些因素，包括使得反应的量级变得尽可能小，提倡微量反应。而这些因素却是化学反应工程中的主要因素，甚至由于成本的考虑，还希望尽可能允许这些因素。化学工程中用的涉及到的化学反应式，可能是几十年甚至上百年前就已经发现的。而化学反应工程的每种“单元操作” 都是物理学的应用。现代大型化学工程涉及到的大量单元操作和单元过程的组合，以及节能减排、可持续发展等要求，使得系统控制理论成为核心，这跟化学反应已经相去甚远。
在传统工科教育中，不管是被称为化学工程、材料工程还是土木工程，相当一部分基础知识是相同的，至少都需要具备相同的数学基础、物理学基础。我现在冲口而出地列举（可能不全），数学基础包括微积分（含微分方程）和线性代数，复变函数和数值计算，这是你解任何实际问题，或进行任何系统模拟仿真的基础；物理包括普通物理中的力学、电磁学和光学，然后加上材料力学、流体力学、统计力学（热力学）等，这些物理是你做任何事情的常识。在此基础上，才是根据具体应用开设更专门的课。例如“电子工程”要学习信号与系统，信号处理的课程（这些课程如之之后果要，国外很多工程专业已放到所有工科的必修）。“化学工程”会上化学学科基础课，“材料工程”会上材料科学基础课（材料学如此之重要，国外很多工程专业已放到所有工科的必修中！）。甚至可以说，一个工科专业完全可以只学共同的数学、物理、信号与系统、材料科学基础，到最后再自由选修化学、电子学或者生物学的附加知识来为具体拟选择的工业界作准备。
反过来看，一个传统的物理系或化学系，学科知识是整个大学四年的重头，它的课程设置目的，应该是为科学研究准备人才。与研究生课程衔接。不过，之所以要说“传统的”物理系或化学系，就是因为现实中我国的物理和化学专业基本上都工科化了。特别是化学专业，我们现在没有一个大学敢说自己的化学系是“不应用”的，很多大学直接就只有“应用化学”系，有的大学会死要面子的叫“化学与应用化学系”。这些化学专业都会有“化工原理”这门课。实际上就是一门揉杂的流体力学、热力学和其他相关物理的课程。还有，关于化学有害品、化学品安全的课程，概念上属于化学工程课，但实际上所有化学从业人士都需要了解。这是从课程设置上无法区分（化学与化工）的情况。
或者说，化学家和化学工程师之间的沟通桥梁，在化学家这头，是靠那一门《化工原理》，在化学工程师那头，是靠选修过的普通化学课。
