这时期哲学思想的特点之一是玄学的兴起。所谓玄学，其广义泛指一切抽象的理论，也称“
形而上学”，即研究超经验东西的学说；其狭义就指魏晋玄学。“玄”指虚无玄远、高深莫测，它起源于《
老子》的“玄之又玄，众妙之门”。
魏晋玄学是对汉代经学的扬弃。
东汉王朝被推翻后，传统儒学威严扫地，魏晋统治者试以老庄解释儒经，把《老子》、
《庄子》、《周易》三本书（即“三玄”）抬出来，以“玄谈”为其腐朽的生活方式辩护，魏晋玄学便应运而生，并且迅速发展。第一阶段是以著名的玄学首领人物何晏、王弼的“贵无论”，开创了“正始玄风”、“天下万物皆以‘无’为本”的玄学。第二阶段是以乐广、裴鄘（wěi）对“以无为本”进行了修正，提出了“崇有”论的玄学。第三阶段是以郭象
《庄子注》中的“独化”论，综合了“贵无”和“崇有”的主张，把玄学推向了顶峰，为门阀士族垄断政权提供了理论支柱。
玄学与反玄学之争除有无之辨外，还有言意之辨。玄学家们利用认识过程的复杂性，片面夸大言意的差异和矛盾，以论证其虚无本体论，欧阳建则以“言不尽意”论戳穿了虚无本体论。
这时期思想的特点之二是
道教和佛教的出现。
东晋时，儒、道、佛已经鼎立。由于社会长期混乱，许多人感到无法掌握自己的命运，只好到宗教幻想中去寻找安慰。魏晋玄学到南北朝时期逐渐衰落下去，加上统治者提倡儒道佛合流，道教、佛教盛行，在理论上发展成为道教哲学和佛教哲学。道教由
张道陵创立（公元141年），其中心思想是幻想长生不死，成为神仙。道教尊奉中国古代思想家老子为教主，吸收
儒家的纲常名教和佛教的轮回之说，经过长期融合演变而形成。东晋哀帝（公元362~365年）就是个笃信道教的皇帝，平日喜欢服食“长生不死”之药，以致中毒不能处理朝政。东晋道士葛洪，主张以神仙养生为内功，以儒术应世为外功，从而建立了一套崇道成仙的完整理论，对这时期道教的发展产生了重要影响。葛洪神仙道教的最高概念是“玄”。他把“玄”叫做“道”和“一”，认为玄是世界万物生成运动的根源。他说：“玄者，自然之始祖，而万物之大宗也。”（《抱朴子·畅玄》）他还认为，玄和道是最高的精神实体，它存在于人体内，就是“元一”或“真一”，是人体内的神秘的灵物。人如果修炼“守一”，使自己与“元一”合而为一，那么“守一存真，乃能通神”，就能永生，成为具有非凡能力的神仙。所以道教成仙的哲学依据就在“玄”字上。
印度佛教于汉代东传中国，其基本思想是精神不灭、生死轮回、因果报应。但与中国本土文化颇多抵触，需要中国化的过程才形成
中国佛教。魏晋时期，佛学的中国化表现为玄学化，以适应门阀士族的需要，诱使人民安于现状，顺其统治。南北朝时期，佛教代替玄学成为占主要地位的思想。中国佛教的因果报应、三世轮回、天堂地狱等，劝人为善，诱人追求来世进入佛国乐土，在民间广泛流行。但从佛教哲学理论讲，都是建立在精神不灭的玄学基础上的。东晋的慧远（公元334～416年）就是极力维护神不灭论的典型代表，认为形有聚散，精神却可以脱离形体而永恒存在。他说：“火之传于薪，犹神之传于形。火之传异薪，犹神之传异形。”（《沙门不敬王者论·形尽神不灭五》）这里的火被说成可以脱离物体而永存的神秘之物。而人的精神犹如火，人的形体犹如薪。薪经过燃烧，成为灰烬，而火却从此薪传到彼薪，永恒不灭。同样，人的形体死亡了，精神也从前一形体传到后一形体，永恒不灭。这种神不灭论也是建立在玄之又玄的“玄”字上的。对神不灭论，
南朝宋代（公元420~479年）的何承天等和南朝齐梁代（公元479~557年）的范缜等进行了驳斥。尤其是范缜的《神灭论》，对形神关系上的朴素唯物论有了深刻的论述，把无神论提高到崭新的水平。