克隆技术对保护物种特别是珍稀、濒危物种来讲是一个福音，具有很大的应用前景。从生物学的角度看，这也是克隆技术最有价值的地方之一。
由于环境污染的日益加剧，植物种质资源受到极大威胁，大量有用基因遭到灭顶之灾，特别是珍贵物种。植物种质保存引起世界各国科学家和政府的广泛重视。用细胞和组织培养法低温保存种质，抢救有用基因的研究进展很快，像胡萝卜和烟草等植物的细胞悬浮物，在－20℃至－196℃的低温下贮藏数月，尚能恢复生长，再生成植株。如果南方的橡胶资源库能通过这种方法予以保护，那将为生产和研究提供源源不断的原材料。
动物克隆可有利于保存和发展具有优良性状的动物品种，抢救濒危动物。例如一旦某种濒危动物只剩下一只动物，甚至即使该动物已经灭绝，但仍留下组织或细胞，就可以通过克隆技术来挽救或再生。我国有丰富的野生和家养的动物资源，国家花了不少钱保护，但效果不好。如果体细胞克隆动物的技术比较完善，就可通地体细胞移植来再现物种。
但是，在保护濒危动物方面还存在许多问题，这主要是因为存在以下几方面的原因：首先是野生濒危动物基数少，可供克隆实验的个体则更少。以白鳍豚为例，世界上仅剩不足百头，武汉白鳍豚馆人工饲养的“淇淇”，是人类唯一可供克隆实验个体，且为雄性。而克隆羊“多莉”有5个妈妈。科学家们一共用了277个胚胎才成功克隆出“多莉”。其次，到目前为止，还有许多濒危野生动物的生长过程、生活习性并不为人们所掌握。目前，已克隆成功的羊、兔、猪等家畜，人们对其习性了如指掌，克隆这些家畜当然比野性生物容易得多。再次，即使技术、经费供体等都不存在问题，但由于克隆出的个体基因与母本完全一样，克隆的成功，只是增加了动物的数量，而基因多样性的消失，也会导致物种退化。