自2009年11月11日零时起，南京站实施新的列车运行图，新图变化如下：
一、增开列车4对
1、南京－徐州 T7800/7799次 （临客改图定）
2、南京－徐州 K8472/1次 （临客改图定）
3、南京－盐城 5076/5次（临客改图定）
4、连云港东－上海 D5531/2次（开行日期另行通知）
二、改变运行区段2.5对
1、上海－天津D30/29次 改为上海－北京南，不进天津站。（开行日期另行通知）
2、南京－北京 D350/349次 改为南京－北京南。
3、南京西－黄山 7101次 改为南京－黄山。
三、改变经由1对
1、南京西－成都 K722/1次 改经襄渝线、达成线运行。
四、主要时刻变化
1、南京－南昌 K505次 南京站开点由9:21改为21：21。
2、南京西－成都 K722次 南京站开点由12:58改为10:09，全程运行时间27.14小时，比原先缩短3.22小时；K721到站时间由6:15改为18:17。
3、杭州－包头 T282次 南京站开点由23:58改为0:02。
4、上海南－信阳 K464次 南京站到开点由20:36/21:02改为19:55/20:03。
五、动车组列车主要停站变化
1、D5405次增停镇江。
2、D76次增停宿州。
3、D181次增停昆山。
4、D195次增停无锡。
5、D5435次取消无锡。
6、D5449次取消常州、无锡。
南京站
2009年11月5日
参考资料：http://www.njstation.com/Info/InfoShow.aspx?ID=81