惣流·明日香·兰格雷与碇真嗣都明显保持着一种矛盾的关系。在碇 惣流·明日香·兰格雷真嗣面前，明日香非常自傲，而且不会承认自己的脆弱。在他们首次见面后，她似乎乐于捉弄与嘲笑碇真嗣，并常以言语来攻击他。在第15集中，惣流·明日香·兰格雷强迫碇真嗣亲吻她，并且捏着他的鼻子不让他呼吸，这样才不会让她的脸发痒，但是也让碇真嗣几乎窒息。后来在她担任驾驶员的自信心崩溃后，明日香对于真嗣的态度更加严厉与刻薄。
她似乎也非常忌妒碇真嗣与绫波零之间的关系，这也加深她对于绫波零的厌恶及对于碇真嗣的怨恨。
惣流·明日香·兰格雷与碇真嗣这种矛盾的关系也成为《新世纪福音战士剧场版：THE END OF EVANGELION》当中的核心要素之一。在电影一开始的剧情中，明日香无意识的躺在医院病房中，而碇真嗣则站在她身旁，并且试图唤醒无意识的她及哀求明日香的帮助，后来他无意松脱了检测生理状态的管线，并因此露出明日香的胸部。真嗣于是对着这个画面手淫，但是也对于他的行为感到恶心与恐惧。
在电影剧情的最后，明日香与真嗣独自出现在沙滩上。后来真嗣企图勒死她，但是她没有抵抗，反而举起手并抚摸他的脸。在这个时候，真嗣崩溃了，并流下眼泪在明日香的脸颊上。而在电影结束时，她说了一句“真难受”（気持ち悪い）。电影最后的场景与明日香最后一句话所代表的精确涵义并不明确，并引来激烈的争论。其中一个理论主张这代表真嗣与明日香成为新的亚当与夏娃，即使碇唯告诉真嗣：所有的人类都有选择回到自己身体的权利。电影海报与DVD封面描绘著真嗣与明日香一起看着毁灭之后的世界，它可能是暗示著电影结束之后他们的情况。
其中一个争论是：出现在最后的场景中的明日香是否是真正的明日香？当时她的眼睛被画成棕色的而非蓝色，左眼与右手包著绷带，跟碇真嗣首次见到的绫波丽刚好相反。这也导致有一些人认为当时与真嗣在一起的她其实是明日香、绫波零与葛城美里的混合。其他人则相信这样的外表仅是暗喻或明确的表示：因为第三次冲击已经结束，所以灵魂无法融合在一起。这种论点认为她的眼睛仍然是蓝色的，会表现出类似葛城美里的颜色只是因为周遭非常显著呈现红色的缘故。身上的绷带只是反映出她被敌人攻击时所造成的伤害而已，并无其他重要的涵义，也与绫波零之前所受的伤无关。这种推论也受到赛璐珞的色彩分析的支持。（警告：以下观点可能引起争议。）根据之前的第三次冲击的剧情，明日香没有理由免于被补完，从而直接质疑到结局中明日香的存在逻辑性。但考虑到碇唯的话：“不要担心。所有的生命都有想要复原的力量，都有想要活
下来的心。只要能想到要活下去的话，到那里都是天堂。因为还活着嘛！到那里都会有幸福的机会的。”可以推论出明日香的确被补完了，但她将自己再重构了。由于之前对战量产机受伤的关系，明日香的意识里认为自己左眼与右手受伤了。意象学当中受伤的意象有时是与医疗器械等同，所以由意识再重构的躯体上就包着绷带。
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