从2003年开始，先后有8家企业进入木里煤田进行勘查开发，但由于缺乏统一规划，木里矿区煤炭资源开发利用效率不高，对生态环保重视不够，基础设施滞后，矿区开发建设进展缓慢。
自2006年起，青海省政府对木里矿区进行了整合，按照矿区划分对原有开发企业进行重组，成立了天木能源、中奥能源、盛奥矿业等公司。但是，由于各企业思想不统一，沟通协调难度大，没有能实现统一管理、统一开发。
2010年，国务院下发通知，要求按照一个矿区原则上由一个主体开发的要求，科学、合理划分矿区和井田范围，制定矿区总体规划和矿业权设置方案。国家发改委提出，根据国家煤业产业政策中关于“一个矿区由一个主体开发”的精神，木里矿区必须整合为一个开发主体。
2010年10月，青海省政府正式启动木里煤田整合工作，旨在通过资源整合，推动木里矿区煤炭资源综合利用，实现资源有效循环利用最大化。同时，通过建设煤基多联产项目，实现青海省原料焦煤的就地转化，直接或间接地生产冶金、化工和石化产品，优化资源的配置、优化产品结构，将资源优势转化为经济优势，打造青海省煤炭清洁利用、节能、环保、循环经济的战略性新兴产业。
2010年11月，青海省政府组织召开专题会议，下发批复，由青海省国有资产投资管理有限公司出资组建了青海省木里煤业开发集团有限公司，作为木里矿区总体规划范围内唯一开发主体。
2011年1月5日，国家发改委批复木里矿区总体规划，明确矿区规划发展总体布局和建设目标，同意以木里煤业开发集团有限公司为开发建设主体，为合理有序开发木里矿区煤炭资源提供了政策依据。
2011年4月，青海省政府正式启动实施《木里矿区煤炭资源总体规划》，明确提出“一个矿区一个开发主体”，尊重历史，分步实施，兼顾各方利益与促进矿区长远发展，充分照顾已有开发企业利益的原则，积极有效地开展整合工作。至此，木里煤田矿区这一青海省最大的煤矿区步入了统一规划、统一开发和统一管理的新阶段。
截止2012年2月，木里矿区有8家开发企业，涉及9个矿业权证（3个采矿证，6个探矿证），已有1个采矿权、5个探矿权完成转让变更，其余的正在按程序加紧办理之中。青海省木里煤业开发集团有限公司的矿业权整合工作取得阶段性成果。通过将矿业证变更到木里煤业集团，建立母子公司管理体系，实现《木里矿区煤炭资源总体规划》“一个矿区一个开发主体”的要求。
