一、定义不同：
1、中枢机构：
中央政府或地方政府统辖全局的指挥中枢和决策核心。
2、行政机构：
是国家按照宪法和相关组织法规定设立的，依法享有并行使国家行政权，负责对国家各项行政事务进行组织、管理、监督和指挥的国家机关。
二、结构不同：
1、中枢机构：
中国封建社会中央中枢结构的演变经历了三公、三省、二府和内阁军机四个时期，其演变的过程充斥着以分权的方式加强皇权、削弱相权的斗争，同时也有着完善封建政治制度、提高行政效率、提高政治统治能力的努力和尝试。
2、行政机构：
国家行政机关包括最高国家行政机关和地方国家行政机关。其中，最高国家行政机关即中央政府是国家行政机关的核心。我国的最高国家行政机关是国务院，地方国家行政机关分为省、州或县（市、区）和乡镇三级人民政府。
扩展资料
古代机构：
中国古代封建社会有一套组织严密的中央官制即三省六部制。三省指中书省、门下省、尚书省，六部指尚书省下属的吏部、户部、礼部、兵部、刑部、工部。每部各辖四司，共为二十四司。
中书省，古代官署名。魏曹丕始设，掌管机要、发布政令的机构。沿至隋唐，遂成为全国政务中枢。隋初称为“内史省”，后改为“中书省”。
宋代中书省与门下省合并为一个机构“中书门下”，掌握行政大权，长官为“同平章事”即宰相，其与掌管军事大权的枢密院合称“二府”。
参考资料来源：百度百科-领导机构
参考资料来源：百度百科-国家行政管理机关
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