主要区别是，科目分类不同、形态特征不同、生境分布不同，具体如下：
一、科目分类不同
1、党参
党参，别名防风党参、黄参、防党参、上党参等。属桔梗目、桔梗科、党参属、党参种。
2、当归
当归，别名干归、文无等。属伞形目、伞形科、当归属、当归种。
二、形态特征不同
1、党参
多年生草本植物，有乳汁。茎基具多数瘤状茎痕，根常肥大呈纺锤状或纺锤状圆柱形，茎缠绕，不育或先端着花，黄绿色或黄白色，叶在主茎及侧枝上的互生，叶柄有疏短刺毛，叶片卵形或狭卵形，边缘具波状钝锯齿，上面绿色，下面灰绿色，花单生于枝端，与叶柄互生或近于对生，花冠上位，阔钟状，裂片正三角形，花药长形，种子多数，卵形，7-10月开花结果。
2、当归
多年生草本，根圆柱状，分枝，有多数肉质须根，黄棕色，有浓郁香气。茎直立，绿白色或带紫色，有纵深沟纹，光滑无毛。基部膨大成管状的薄膜质鞘，紫色或绿色，基生叶及茎下部叶轮廓为卵形，叶下表面及边缘被稀疏的乳头状白色细毛；茎上部叶简化成囊状的鞘和羽状分裂的叶片。小伞形花序有花13-36；线形，花白色，花柄密被细柔毛；花瓣长卵形，顶端狭尖，内折；花柱短，花柱基圆锥形。花期6-7个月。
三、生境分布不同
1、党参
产中国西藏东南部、四川西部、云南西北部、甘肃东部、陕西南部、宁夏、青海东部、河南、山西、河北、内蒙古及东北等地区。朝鲜、蒙古和苏联远东地区也有。生于海拔1560-3100米的山地林边及灌丛中。
2、当归
主产甘肃东南部，以岷县产量多，质量好，其次为云南、四川、陕西、湖北等省，均为栽培。宜高寒凉爽气候，在海拔1500-3000m左右均可栽培。
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