港澳通行证和签注都是去香港、澳门的的证件和流程，它们的区别主要是类型等不同，具体的区别是：
1、港澳通行证是大陆人民去香港澳门所必须办理的证件，而签注是对港澳通行证是否可以通关的审批。
2、有港澳通行证没有签注是不能去往香港和澳门的，而签注不仅仅指的是给港澳通行证，在护照等方面也需要签注审批的。
3、签注指的是在证件表册上批注意见或有关事项。而港澳通行证只是一种证件。
扩展资料：
内地居民往来港澳签注分为6个种类，即分为个人旅游（G）、探亲（T）、商务（S）、团队旅游（L）、其他（Q）、逗留（D）根据申请事由分类签发。其中香港G签和L签的有效期都为：3个月1次、3个月2次、1年1次、1年2次四种有效签注。澳门签注只有3个月1次、1年1次申请。签注规定每次在香港或者澳门逗留不超过7天，一进一出算一次。
以1年1次为例，不是表示1年内只能去1次，而是指该签注的有效期为1年，在1年以内往返过港澳后，还可以再次申请签注，申请次数没有限制。如果1年内不去，则该签注过期无效，可再次申请。
参考资料来源：百度百科——签注
参考资料来源：百度百科——港澳通行证
港澳通行证签注的意思是印刷在港澳通行证上证明通行证持有人可以 合法前往香港和澳门的注释 签注会注明持有人 此次前往香港或澳门的目的行程或时间等
本回答被网友采纳港澳通行证是大陆居民去香港、澳门的专用证件。
香港需要香港的签注，去澳门需要澳门的签注。
1. 首次办理《往来港澳通行证》及签注
首次办理须本人至户籍所在地的出入境管理处提交申请，申请材料有：居民身份证和户口簿的原件及复印件(用A4纸复印，可复印在同一张纸上)，2寸淡底色彩照2张(也可现场拍照，费用自付)，同时分别申请赴香港、澳门的签注。只去香港则申请香港签注，只去澳门则申请澳门签注，如果香港、澳门都去，则两地签注都要申请。
自受理之日起10-15个工作日内办结
【《往来港澳通行证》每本100元;一次往来签注，每个20元;二次往来签注，每个40元
2. 已有通行证再次申请签注(即加签)。
本人凭身份证及有效的《往来港澳通行证》办理，也可代办，代办人需携带身份证。(不同城市对加签可能有特殊规定，具体咨询户籍所在地出入境管理处)
1个工作日内办结。
一次往来签注，每个20元，二次往来签注，每个40元。
《往来港澳通行证》有效期不足6个月(部分城市是3个月)的或无足够空白签注页的不能办理，须按首次申请手续办理新的《往来港澳通行证》，同时申请签注。