丘处机和成吉思汗曾经有过一次永载史册的会面。蒙古兴起初年，道教在中国北方也曾经声名大振，全真七子颇受蒙元朝廷扶持。但是好景不长，忽必烈建立元朝之后，开始打压道教。
忽必烈为什么要打压道教？原因与他的伯父窝阔台有关。忽必烈是成吉思汗第四子拖雷的儿子，窝阔台是成吉思汗第三子，拖雷与窝阔台曾因争夺汗位而不和。
后来，忽必烈自立为汗时，窝阔台的后裔不服，不承认忽必烈的汗位，屡次在西北反叛。由于窝阔台一系的蒙元贵族始终尊崇道教，忽必烈就把道教视为窝阔台系旧党，倍加猜忌。
再到后来，燕京长春宫道士何巨川又上书阻止忽必烈伐宋，有好事者便趁机进谗言，说道教不与忽必烈一条心，并诬告全真道过去仗着元太祖、元太宗之势霸占佛寺四百八十余处。这一状告得非常刁钻，给道教造成了灭顶之灾。
南宋灭亡后后的第二年（至元十八年）忽必烈召开佛道辩论大会，佑佛抑道，在燕京筑焚经台，下令收缴焚毁道教经典。又命各地均筑焚经台，在全国范围内收缴道经和印板销毁。这就是元代历史上有名的“至元焚经之祸”。
“至元焚经之祸”是中国历史上道教最大的法难，而焚经之后蒙元统治集团也就改变了之前的宗教政策，中国古代的道教典籍经元代的这场大火之后大多残缺不全。
这次对《道藏》的毁禁，执行非常彻底，人民不敢匿藏。造成了中国文化史上的空前大劫，永难弥补。
清朝是满洲人入主中原，对汉人有一定的歧视和顾忌。虽然没有对《道藏》作过过激的毁损，但在精神上，打击和压制代表汉文化的道教，是不遗余力的，例如，把统理天下道教的张天师，从国师二品的地位贬为五品，品级不如一个知府的地位。
清朝末年，好多个县的道观都被清政府改为佛寺。比如在台湾，规定庙观不可以有道教神像，好多汉族民众为了保留道教，纷纷把道观改成佛寺，以保留道教神像。经过满清三百年的打压，道教到现在都没能完全回复元气。
一个民族的伟大在於文化，近代享誉海内外的一代道教仙学宗师陈撄宁先生曾说过：“道教为中华民族精神之所寄托。切不可妄自菲薄，毁我珠玉。武力侵略我者，尚能用武力对付之；文化宗教侵略我者，则我之武力无所施其技矣。若不利用本国固有之文化宗教以相抵抗，将见数千年传统之思想，一朝丧其根基，终至失其信仰，祸患岂可胜言哉??”