我觉得，两门科学对各自的研究对象采用了迥然不同的研究方法，所以自然科学的学生通常会对于人文社会科学的研究对象表示不理解。
定义
自然科学是指研究自然界各种物质的形态结构性质及其运动规律的科学
人文社会科学则是对研究人类社会各种现象的所有科学的总称
研究方法
客观性
自然科学是公认的理性程度最高的科学，科学家在进行科学推理论证过程中注重能够真实反映自然界的客观事实、客观规律及客观原因，并且从客观来源获取论据的基础上使用公理化方法，因此客观程度更高，主观成分相对较少。
人文社会科学的研究方法同自然科学相比，客观性要弱很多。
共同范式
范式指的是一定时期内给科学家集团提供有关问题的模型极其解的普遍公认的科学成就。
自然科学家通常都普遍接受某一个统一的范式，可是在人文社会科学家中，很少有这样一种为人们普遍赞同的统一范式，所以，通常认为自然科学处于比人文社会科学更高的发展阶段。
结论的可检验性
自然科学界形成了检验科学理论的方法，包括必要和充分的两套检验方法。可是，迄今为止，包括被公认为最近似于自然科学的经济学在内，几乎所有的人文社会科学的关键性命题都从未进行过严格的验证，因为人类和社会行为是复杂的，不能指望人文社会科学达到自然科学的精确程度。
无论是自然科学还是人文社会科学，不论是客观还是主观，其研究发展都会对人类社会有着积极的促进作用。
人文科学并不是靠灵感，不是突如其来的。社会科学通常被称为科学，但人文科学并不能称之为科学，如文学、历史、哲学、宗教、美学等。自然科学的学生往往会倾向于唯科学论，即有意识或无意识的以科学为唯一价值体系。但是人文学科所基于的则是科学以外的价值体系。而这些价值在中国往往是被压制、破坏、扭曲和污蔑的对象。
问题的因素主要在于我国贵党的体制和意识形态对人文社科领域的压制和破坏。譬如在八九年之后，大学里的政治家一度被取消，很久以后才从“国际政治学”还魂，甚至连历史学也差点被取消。过去在人文社科领域里是意识形态主导，近些年以来，御用经济学家的加入则进一步败坏了人文社科领域专家的形象。正是因为人文社科对统治者有直接的影响，因此受到的残害就胜过自然科学。
国内和国外的情况有所不同，国外开始用数理方法来研究哲学，而国内一句没有科学考证的话可窥一斑。所以，可以理解国内的差异和冲突更大，而国内的哲学研究多数还抱着国外几百年前的书本不放。
不论自然科学还是社会科学，本质都是哲学。都是从哲学的基础出发。还有哲学上有名的整体大于部分。不论在数理化的“近世代数”，还是人文的社会效应，都是很好的理论基础。