《关于农村集体土地确权登记发证的若干意见》明确规定，“对于借户籍制度改革或者擅自通过‘村改居’等方式非经法定征收程序将农民集体土地转为国有土地、农村集体经济组织非法出让或出租集体土地用于非农业建设、城镇居民在农村购置宅基地、农民住宅或‘小产权房’等违法用地，不得登记发证。对于不依法依规进行土地确权登记发证或登记簿规范造成严重后果的，严肃追究有关人员责任”。
你说的农村建房应该是小产权房，小产权房没有国家发放的土地使用证和预售许可证，购房合同在国土房管局不会给予备案。它的产权证不是国家房管部门颁发的，由乡政府或村委会颁发的，所以小产权房不可能登记。