克尔·斯科菲尔德正陷于无望的困境中——他的哥哥林肯·巴罗斯被认定犯有谋杀罪被投入了FoxRiver监狱的死囚牢。虽然所有的证据都指出林肯就是凶手，迈克尔却坚信兄长是无辜的。林肯的死刑执行日越来越逼近，在没有其他选择的情况下，迈克尔持枪闯入了一家银行，被捕入狱后来到了林肯的身边。身为建筑工程师的迈克尔参与了监狱的改造工程而对这里了若指掌，他设计了史上最完美的越狱计划，入狱的唯一目的就是要把林肯救出生天并还其清白。迈克尔在狱中艰难地准备着越狱计划的同时，意想不到的人和事接连出现在通向自由的道路上。
在第一季里配角众多，而且各有个性，戏份也多，而且第一季如果说戏份的话，主角麦克的戏份其实并不算多，起码跟24的主角比起来，简直少的可怜。
不过这并不影响麦克的主角地位，毕竟主角都是有光环的，你一看就知道他是主角，在第一季的最后。Michael挟持了狱长要求他下令把Lincoln送到医务室，随后打昏并软禁了狱长。医生Sara决定帮助他们，在离开时没有锁医务室的门。Michael和Lincoln，室友Sucre,T-Bag,John,C-Note，新来的那个小偷（帮迈克偷回手表，后来又向Belick告密的那个）还有和Michael一起关过的那个精神病Haywire（是他帮Michael补全了地图），Westmoreland，洗衣房胖子8人从Michael囚房越狱，混进了精神病区，并从那里到达了医务室，打倒了看守Lincoln的警卫，从医务室的窗户外面的绳索爬出高墙。
但受伤的Westmoreland此时已经不行了，他最后说出了藏500万美元的地方。在越狱过程中最后出来的洗衣房胖子被补，其余6人成功越狱。越长和Belick四处搜捕。他们原计划坐飞机逃走，但John的飞机却飞走了。最后6个人奔跑在莽莽的原野上，警车在后面追着他们。第一季终。