(1)两者外延不同:主要矛盾是就复杂事物中所包含的"许多矛盾"相互比较而言的，而矛盾的主要方面则是就“同一矛盾”的双方相比较而言的。比较的结果，主要矛盾一般只有一个，而次要矛盾则可以有多个;矛盾的主要方面只有二方，而次要方面也只是另一方。
(2)两者内涵不同:主、次矛盾说的是"矛盾体"，可以称为"一个"或"一种矛盾"，而矛盾的主、次方面说的则是 "矛盾侧面"，所以只能叫“一方”或“方面”。正因主、次矛盾都是 "矛盾体"，其内部都包含着矛盾的双方，所以，主、次矛盾又都有各自的主、次方面。
(3)两者的方法论要求不同。主、次矛盾关系的原理，要求做工作抓重点、抓中心，但又不忽视一般；矛盾主、次方面关系的原理，要求看问题要把握本质和主流，但又不忽视支流。前者侧重于讲办事情应该怎样，后者侧重于讲看问题该怎样。
当然，主要矛盾和矛盾的主要方面也不是互不相干的，在复杂事物包含的许多矛盾中，主要矛盾处于支配地位，对事物的发展起着决定的作用。这时，事物的性质不是由其他矛盾的主要方面所规定的，而主要是由主要矛盾的主要方面所规定的。例如，每一种社会形态中有很多矛盾，而规定该社会性质的则是主要矛盾的主要方面。
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