区域规划的最大亮点也是最核心之处，是明确了长三角的区域布局。
规划提出，按照优化开发区域的总体要求，统筹区域发展空间布局，形成以上海为核心，沿沪宁和沪杭甬线、沿江、沿湾、沿海、沿宁湖杭线、沿湖、沿东陇海线、沿运河、沿温丽金衢线为发展带的“一核九带”空间格局，推动区域协调发展。在此基础上，规划详细阐述了各个城市的产业发展重点，试图破解长三角城市在产业分工与定位上的“同构”困局。
在长三角区域范围被明确为“上海市、江苏省和浙江省”后，区域规划将沪苏浙25个城市又划分为核心区和辐射区，其中原有的16个市为核心区，并明确了各个城市的城市功能和定位。引人注目的是，“泛长三角”亦被写入规划。规划要求加强泛长三角合作，并表示，长三角周边的安徽等地区具有区位、自然资源、劳动力资源的比较优势，与长三角地区经济联系紧密，是长三角地区产业转移和直接辐射区。规划明确建立健全泛长三角合作机制，编制南京都市圈、淮海经济区区域规划，加快南京都市圈建设，建设杭州都市圈。
江苏省社会科学院副院长、中国社会科学院中国城市发展研究中心长江三角洲区域研究中心主任张颢瀚提出，区域规划其实覆盖了长江流域、大沿海、泛长三角等几个大的国家战略带范围，将整个长三角与泛长三角、中西部发展联系起来。其中沪宁线是中国大中城市最密集的地带，将成为“世界级城市群”的主轴线，也是长三角发展的重中之重，而南京则是这个向长江中上游辐射的主轴线的门户城市。
在完善和提升各类城市功能方面，规划明确提出“提升上海核心地位”，进一步强化上海国际大都市的综合服务功能，充分发挥服务全国、联系亚太、面向世界的作用，建成具有国际影响力和竞争力的大都市。
规划提出，完善区域性中心城市功能，进一步提升南京、苏州、无锡、杭州、宁波等区域性中心城市的综合承载能力和服务功能，错位发展，扩大辐射半径，带动区域整体发展。而在2006年版本的区域规划中，上述5城被称为“副中心城市”，“表明城市地位明显提高”。同时，无论是核心区城市还是辐射区城市，均被赋予明确定位，“这些定位充分发挥了各个城市自身优势，各具特色、功能互补，有效避免了城市间的恶性竞争。”
