事业单位的工资，实行的是岗位对应制度，在什么岗位，拿的就是什么工资。比如在管理岗位就是管理人员工资，如果是在专业技术岗位，拿的就是职称工资制度，在工勤岗位，拿的就是工勤人员工资。如果原来是参公事业单位，拿的工资、福利、补贴和公务员没有什么两样。如果改革后或者调动到公益类事业单位，那么拿的就是事业人员工资，以往的参公身份，也只是一种工作经历而已。同样的，如果是原来的事业单位承担的是生产经营类职能，在事业单位改革中，被改制为企业，按照“编随事走、人随编走”的原则，在新改制的企业就职，那么就是实行的企业工资制度，自主经营、自负盈亏，企业效益好，个人业绩好，工资就高，如果企业效益不好，或者个人能力不强，赚取的工资收入就少。
不仅工资如此，社保执行的标准，也是按事业单位改革后的性质，执行不同的标准。目前，我国实行的还是双轨制的养老保险制度，机关事业单位和企业的“五险一金”等社保标准不同，缴纳的比率不一样，享受的标准也不一样。如果改革后还是事业机构性质不变，职工执行的就是机关事业人员养老保险制度，如果改革后成了企业，或者改革后编制精简，成为了编外人员，执行的就是企业养老保险制度。
事业单位改革，对个人影响最大的，一个是机构性质随职能发生转变，比如原来的参公单位成为了事业单位，个人的参公身份没有了对应的单位和岗位，到底是保留身份直至自然减员，还是随单位性质发生转变，目前还没有确定的政策，还有待国家正式文件出台。就目前来看，后者的可能性更大，但为了维持社会稳定，和维护个人既得利益，会对一些特殊情况进行补偿，比如对因参公影响了职称评审的专业技术人员，可以将参公年限认定为职称年限，继续参与职称评定，对一些符合条件的，也可以直接认定更高一级的职称。对于省考、军转、群团、选调生等参公人员，也可以保留参公身份，在公务员岗位自由转任。
第二个影响最大的，是机构整合后，管理岗位减少，原来有职务的管理人员，因机构整合，失去了管理岗位，只能享受已经取得的职级待遇，等待空缺职位出现后按条件递补。无职务人员的大量存在，同样对新进人员的晋升造成极大的影响。管理职位的减少，和因改革造成的历史遗留问题，在短时期内，会造成事业人员晋升发生困难，也会使省考事业人员名额大大减少。由于事业单位改革还没有完成，今年的事业人员招考下降还不是十分明确，但公务员招考减少40%的现象，已经很能说明问题了。明年事业单位改革结束后，两三年内事业人员招考名额下降，几乎是肯定的。
第三个影响，就是因事业单位改革，参公身份的失去，或者生产经营类改企，事业人员转变身份成为企业人员，这两种情况对原事业人员的工资收入都会造成影响。参公人员改事业，工资肯定会下降，一般在20%以上。如果是专业技术人员，中级以上职称，影响就不会太大，甚至工资收入更高。同样，事业人员转企后，个人工作的稳定性会变差，工资收入也会受企业、个人能力、业绩等方面的影响更大，收入也会变得不太稳定。
第四个影响，是事业单位改革后，编制管理规范，除国家规定的编制外，不允许地方政府自行设立和使用自收自支、自定、自筹类编制。精简编制的首要对象，就是这三类地方自定编制。中编办有明确的时限要求，必须于今年6月底前将这三类编制回收撤销，今后不再使用。各地改革有前有后，有些地方的自定、自筹编制早已经取消，但绝大多数地方的自收自支编制还存在，数量有多有少，能否在短短的一个多月内完成任务，还存在未知数，但随着生产经营类改企，和机关事业性收费的取消，这个趋势不会改变。
改革是百年大计，势必有阵痛，会触及一部分人的利益。事业单位改革，对全国140多万事业单位、4000多万事业人员造成极大影响，尤其是其中1000多万的自收自支人员、编外人员造成的冲击更大。改革方案规定，为了维护社会安定团结的大局面，可以采取提前退休、分流安置等方式，妥善安置涉改人员，相信各地政府都会采取积极的人员转隶方式，促进涉改人员的平衡过渡，保证事业单位改革顺利、如期完成。
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