植物色素包括脂溶性的叶绿体色素和水溶性的细胞液色素，前者存在于叶绿体，与
光合作用有关，如叶绿素；后者存在于液泡中，特别与花朵的颜色有关，如
花青素属黄酮类物质。了解它们的性质有助于对其生理功能的理解。
脂溶性色素主要为叶绿素、
叶黄素与胡萝卜素，三者常共存；此外尚有藏红花素、辣椒红素等。除叶绿素外，多为四萜衍生物。这类色素不溶于水，难溶于
甲醇，易溶于高浓度
乙醇、乙醚、
氯仿、苯等有机溶剂。胡萝卜素在乙醇中也不溶。叶绿素等在制备中草药制剂或提取其他有效成分时常须作为杂质去除，以使药物纯化，中草药（特别是叶类、全草类）的乙醇提取液中含有多量叶绿素、可在浓缩液中加水使之沉出，也可通过氧化铝、碳酸钙等吸附剂而除去。叶绿素本身有抑菌作用，可制备成消炎的药物。
水溶性色素
水溶性色素主要为花色甙类，又称花青素，普遍存在于花中。溶于水及乙醇，不溶于乙醚、氯仿等有机溶剂，遇醋酸铅试剂会沉淀，并能被活性炭吸附，其颜色随pH的不同而会改变。花色甙在制备中草药制剂或提取有效成分时，常作为杂质去除。
天然植物色素