《吕氏春秋》对先秦诸子的思想进行了总结性的批判。《不二》篇中说：“老聃贵柔，孔子贵仁，墨翟贵廉，关尹贵清，子列子贵虚，陈骈贵齐，阳生贵己，孙膑贵势，王廖贵先，儿良贵后。”它认为，这不同的思想应当统一起来，“一则治，异则乱；一则安，异则危。”（《不二》）思想统一后，才能“齐万不同，愚智工拙，皆尽力竭能，如出一穴。”统一的过程，实际上是一个批判吸收的过程。所以，《吕氏春秋》对各家思想都进行了改造、发展与摒弃。例如，儒家主张维护君权，这种思想被《吕氏春秋》吸收了，但是它是以独特的面目出现的。它主张拥护新“天子”，即建立封建集权国家。它说：“今周室既灾，而天子已绝，乱莫大于无天子。”（《谨听》）：“天下必有天子，所以一之也，天子必执一，所以抟之也。一则治，两则乱。”（《执一》）
孔子主张维护周王朝的一统天下，但并没有强调专制问题，《吕氏春秋》却有了“执一”、“抟”这样的观念。”执一”和“抟”就是中央集权。这是对先秦儒家思想的发展。又如对墨家思想，《吕氏春秋》对墨子提倡的“节葬”观念是赞同的，所以，它对当时厚葬的风气进行了批评：“愈侈其葬，则心非为乎死者虑也，生者以相矜尚也。侈靡者以为荣，俭节者以为陋，不以便死为故，而徒以生者之诽誉为备。（《节丧》）但是，墨子是主张“非攻”的，即反对战争的。《吕氏春秋》便对此进行了批驳：“夫攻伐之事，未有不攻无道而罚不义也。攻无道而伐之义，则福莫大焉，黔首利莫厚焉。禁之者，是息有道而伐有义也，是务汤武之事而遂桀纣之过也。”（《振乱》）《吕氏春秋》主张兴“义兵”，“义兵至，则邻国之民，归之著流水，诛国之民望之若父母，行地滋远，得民滋众，兵不接刃，而民服若化。”（《怀宠》）《吕氏春秋》认为，一味地反对战争是没有意义，并且是不对的，正义的战争，即“攻无道而伐不义”的战争，不仅可以除暴安良，而且还可以得到人民的衷心拥护。这实际是为秦国进行统一中国的战争辩护。
在物质的起源问题上，《吕氏春秋》把宋尹学派的“精气”说拿过来加以改造。宋尹学派认为：“凡物之精，此则为生，下生五谷，上为列星。”而《吕氏春秋》说：“万物所处，造于太一，化于阴阳。”（《大乐》）这就是说，“太一”是万物的本源，世界万物都是从“太一”那里派生出来的，并由阴阳二气变化而成的。“太一”是什么呢？它说：“道也者，视之不见，听之不闻，不可为状……道也者，不可为形，不可为名。强为之，谓之太一。“道”就是“太一”，“太一”就是“精气”。由这里的论述可以明显地看到老子的影响。《吕氏春秋》认为，由“精气”（道）派生出来的万物是在不停地运动着的，“与物变化，而无所终穷”。（《下贤》）上至天上的日丹星辰，下至地上的草木泉水，都在不停地运动。“天为高矣，而日月星辰云气雨露未尝休也。地为大矣，而水泉草毛羽裸鳞未尝息也。”（《观表》）但值得注意的是。《吕氏春秋》把物质的运动看作是一个循环反复的过程。”物动则萌，萌而生，生而长，长而大，大而成，成乃衰，衰乃杀，杀乃藏，圜道也。”（《圜道》）
在社会历史观上，《吕氏春秋》认为历史是不断发展的：“今之于古也，犹古之于后世也。今之于后世，亦犹今之于古也。故审知今，则可知古，知古则可知后，古今前后一也。”（《长见》）这就是说，历史的发展是一环扣一环的，今之视者，亦犹后之视今，无古不成今。了解过去，有助于了解今天。但是，了解过去并不意味着拘泥不变，恰恰相反，当时代变化了，相应的法规、政策等也应该变化，以适应时代的需要：“无法则乱，守法而弗变则悖；悖乱不可以持国。世易时移，变法宜矣……故凡举事必循法以动，变法者因时而化。”它还用两个寓言故事来说明这一道理：楚人有涉江者，其剑自舟中坠入于水，遽契其舟曰：“是吾剑之所以坠。”舟止，从其所契者，入水求之。舟已行矣，而剑不行，救剑若此，不亦惑乎！荆人欲袭宋，使人先表氵雍水。氵雍水暴益，荆人弗知，循表而夜涉，溺死者千有余人，军惊而坏都舍。
这两则寓言都见于《察今》。前一则就是我们很熟悉的“刻舟求剑”。这两则寓言故事都是讽刺那种泥古不知变的人，这也是生动地表现了《吕氏春秋》的历史观。
《吕氏春秋》继承了老庄的无为思想，主张巩固政权在于清静无为，”有道之主，因而不为”，“虚静以待”。（《知度》），只有这种“无为”、“虚静”，才能达到无为而无不为的自由境界。
《吕氏春秋》还表现了一定的音乐美学思想。它将音乐的产生与宇宙万物联系起来，提出“生于度量，本于太一”（《太乐》），又从“心”“物”感应关系，论述了音乐产生的心理过程。提出了“适”的概念，强调要音“适”和心“适”，才能获得美的感受。
《吕氏春秋》保存着先秦各家各派的不同学说，还记载了不少古史旧闻、古人遗语、古籍佚文及一些古代科学知识，其中不少内容是其他书中所没有的。在过去，《吕氏春秋》深得人们的好评。司马迁称它“备天地万物古今之事”。在《报任安书》中，甚至把它与《周易》、《春秋》、《国语》、《离骚》等相提并论。东汉高诱在给它作注时说它“大出诸子之右”。客观地说，《吕氏春秋》不是一部系统的哲学著作，它有一定的思想价值，但更主要的是资料价值。它的一些寓言故事，至今仍脍炙人口，富有教育意义。
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