小说的寓意可以从多个层面来理解，这里我只列举几个比较常见的：
信仰是人类精神的必需品。小说中，少年派是一个信奉三种宗教（印度教、基督教和伊斯兰教）的人，他认为每种宗教都有自己的美好和真理。他在海上漂流期间，经历了各种困难和痛苦，但他从未放弃对上帝的信任和祈祷。他相信上帝会给他一个合理的解释和一个美好的结局。他也相信自己的故事能让别人相信上帝。他用信仰来填补自己内心的空虚和恐惧，给自己带来安慰和力量。
生存是人类最本能的欲望。小说中，少年派和老虎理查德·帕克都展现了强烈的求生欲。他们在海上漂流期间，不断地寻找食物、水源、避难所等资源，以维持自己的生命。他们也不断地适应环境，学习技能，克服困难，与危险抗争。他们甚至不惜牺牲其他生命（如鱼、海龟、羚羊等），或者伤害自己（如吃生肉、喝尿液等），来保全自己。他们用生存来证明自己存在的价值和意义。
故事是人类创造的艺术。小说中，少年派给日本保险公司调查员讲述了两个版本的故事：一个是奇幻版，一个是现实版。奇幻版是关于他和一只老虎在海上漂流的故事，现实版是关于他和三个人（厨师、水手、母亲）在海上互相残杀的故事。两个版本都有可能是真实发生过的，但也都有可能是虚构出来的。