第1集 绿色小矮人
墨西哥丛林里的雷达收到外星文明的讯号。Mulder只身前往，险些丧命，又落得一场空。
第2集 下水道惊魂记
水蛭人变种惊现下水道。Mulder被赶去调查。
第3集 恐惧症
小镇实验农药，一个人被农药影响的人出现幻视，遵循电子仪器的显示疯狂杀人。
第4集 不能睡的人
军方实验的对象二十几年不能睡觉，懂得了控制人的反应思维，开始报复杀人。Mulder见到了Mr. X。Alex Krycek首次出场。
第5集 第四类接触（上）
精神病院的前FBI探员声称被alien劫持过，因为不愿再次被劫持，绑架了精神病院的医生。被请来帮忙的Mulder自愿成为人质。
第6集 第四类接触（下）
Duane Barry逃跑并绑架了Scully，Alex Krycek原来是CSM的帮手。最后Scully在UFO出现的强光中失踪了。X档案重新开启。
第7集 三位一体
洛山基出现杀人取血案件，Mulder认为是吸血鬼所为，还跟其中之一Christen有了一夜情。
第8集 起死回生
Scully被悄悄送了回来，但生命垂危。Mellisa就像个灵媒。
第9集 火山口惊魂
研究火山的几个科学家纷纷死于喉咙里长出硅基孢子植物。
第10集 红色博物馆
盛产美味牛肉的小镇的孩子们被绑架，发现的尸体上都有“he/she is one”的字样。Mulder和Scully以为是镇上的教徒所为，但其实是和alien计划有关的人体实验。
第11集 再生
老人院里闹鬼了。Mulder和Scully没看到鬼，倒是发现些让人恢复精力的小蘑菇。
第12集 剃刀杀人狂
几十年前的杀人狂有个后代继承了他的杀人基因，现在基因被激活了。Mulder和Scully能否阻止新的惨剧发生？
第13集 摧花狂疑云
法斯特是个恋物癖，挖掘年轻女性的尸体，把她们的头发和指甲全部剪下来收藏。当尸体已不足满足他的时候，只有杀人。法斯特的下一个目标转向了Scully。
第14集 巫教学校
在一个小城，一个少年被谋杀了，而谋杀过程像一个仪，少年心脏和眼睛被挖掉了，居然出现在老师的课桌抽屉里。Mulder探员和Scully探员发现，当地学校的家长教师协会举行一种秘密仪式，而一个代课教师拥有神奇的能量。
第15集 巫毒的复仇
在一个海地难民营，几个陆战队员神秘死去。Mulder探员和Scully探员发现，这是难民营首领虐待难民，一个巫师反抗的结果。
第16集 殖民地球（上）
Mulder探员收到一封电子邮件，信中包括三个不同城市医生的讣告。正在此时，一个CIA特工通知Mulder探员和Scully探员，一个俄罗斯杀手已经潜入美国境内的医疗机构，目的是为了除掉冷战时期潜伏在美国的俄罗斯克隆人。Mulder妹妹突然出现回家，妹妹Samantha和克隆人有说不清的关系。
第17集 殖民地球（下）
一个来自外星的职业捕手绑架了Scully探员，用她来交换Mulder探员在幼年时期被绑架的妹妹Samantha。交易失败后，Mulder发现Samantha居然是克隆人，今儿继续跟随这个外星人到了北极冰雪下的潜艇中，逼问关于Samantha的真相。然而Mulder再一次失去了Samantha的线索。
第18集 审判
在一个UFO经常出没的地区，动物园中发生了隐身的动物攻击事件。Mulder探员和Scully探员奉命去调查这桩奇案。
第19集 幽灵船
一艘美国海军船只失事，舰上只有一半成员成功逃生。18个小时当他们被一艘渔船发现时，他们看上去比事发前至少苍老60岁。Mulder探员认为，该舰进入了未知的时空，因而加速了他们的老化，没想到的是Mulder和Scully到达军舰上，他们也莫名其妙的老去，衰老使他们已经快要死亡了。Mulder和Scully能否发现使他们衰老的秘密？能否活着等到救援？
第20集 斑身人
佛罗里达州的Gibsonton 城充斥了马戏团和杂耍艺人。一个以鳄鱼表演为生，名叫Jerald Glazebrook 的人被谋杀了。Mulder探员和Scully探员在调查这宗谋杀案时，遇到了形形色色的奇怪人物，甚至包括当地的警长。
第21集 巫童
一个2岁大的婴儿神秘死亡。Mulder探员和Scully探员介入调查。他们发现了一种与死者有关，源自罗马尼亚的的驱魔仪式。驱魔人告诉他们，死者是被其未出生的孪生兄弟附身。在驱魔仪式过程后，Mulder被驱魔人严重警告，“现在结束了，但你必须小心，它认得你了”！
第22集 剖尸
在一座警备森严的监狱，一种瘟疫一样的疾病开始流行，造成10人死亡。Scully探员留守监狱，摸清疾病的源头。而Mulder探员则连同联邦司法官员一起追踪两名可能已经感染该疾病的越狱者。
第23集 柔光
一项关于暗物质的试验造成了惊人的后果－该试验可以把人的影子转化为一种致命武器，任何接触到这种武器的人都会被转化成能量。
第24集 我们的小镇
一个小城发生了数起失踪案。Mulder探员和Scully探员在该城一条小河里发现了数以百计的人骨。该城最富有的人拥有一座鸡肉加工厂。此人找到了一种吃人肉而延长寿命的办法。
第25集 外星档案（上）
Mulder探员意外获得了一些关于外星生命的原始资料。但他的敌人却想让他看到，发现真相是要付出沉重的代价的。
