菩提寺始建于三国东吴时期，距今已有1766年历史，是上海地区最早的寺院之一。宋朝初年敕赐“菩提”匾额，正式更名为菩提寺。明朝归有光在寺院东侧创办震川书院，带动寺院学风、禅风为之一震。清乾隆时期重修，立碑纪念，旧址为现安亭中学校址，号称良田千亩，极尽一时之盛。解放前后，寺院毁于战火，仅存破房数间。落实宗教政策以来，在有关部门的关心、支持下，菩提寺的恢复重建工作提上了议事日程。2003年11月，经有关部门批准，菩提寺恢复重建工作正式启动。受上海市佛教协会派遣，原上海佛学院副教务长慧证法师入住菩提寺，配合区、镇有关部门开展工作。在慧证法师的带领下，菩提寺两序大众，紧紧依托市、区、镇有关部门的领导，积极凝聚广大佛教徒的力量，在短短一年多的时间里，经过多方沟通与协商，同时充分尊重有关部门的意见，进行了寺院新址的土地置换，11、8亩的寺院新址得以确定。在此基础上，修复委员会邀请同济设计院、东南大学设计院、苏州园林设计院、东北设计院等多家知名古建筑设计单位进行设计招标。在社会各界的关心、支持下，进展顺利，各项准备工作基本就绪。规划建设中的大雄宝殿、天王殿、菩提阁、讲堂、僧寮、斋堂等，建筑面积6000多平方米。计划用二年左右的时间完成。 菩提禅寺是上海最古老的寺院，始建于三国吴赤乌二年（公元239年），由东吴大帝孙权之母吴国太敕建，原址位于现安亭中学内。当年，运浙皖之名材，卜汉亭之旧址，营建多年落成，前有金刚殿，中有观音殿，主殿大雄宝殿，三殿庄严肃穆，正门门楣上有“敕建菩提寺”匾额，是上海地区屈指可数的敕建寺庙，其规模与气势非一般民间小庙可比。
菩提禅寺促成了安亭镇的诞生。由于菩提寺香火日盛，声名隆起，四邻人烟聚居，集而成镇。汉袭秦制，十里一亭，以安名亭，以亭名镇，故称安亭，安亭镇一名也沿袭至今。千百年来，安亭百姓与信众无不自豪地口耳相传一句话：“天下两个半菩提，安亭菩提占其半。”所说的是当时命名为菩提道场的全世界只有两个半，两个在古印度，半个在中国安亭的菩提寺。菩提译自梵文Bodhi，意为“觉”“智”“道”等，佛教中指断绝世间烦恼而达到涅槃的砌悟境界。佛经中有“阿耨多罗三藐三菩提心”指有求得理想的最高果位的心愿，即利他的成佛之心。当年佛陀也是在菩提树下顿悟成佛的，所以菩提树在佛教中有圣树之称。 菩提禅寺几经兴废，数次修葺。相传菩提寺在北宋开宝年间（968—975）由僧人慧才重修后，经历数百载无人修葺。南宋宝佑年间（1253—1258），福建陈一元游菩提寺后曾写诗一首“半废菩提寺，柴门不正开。僧犹拥经卧，官为踏荒来。深抑鸟能语，当风蝉转哀。伤心原野外，处处是蒿莱。”可见当时的菩提寺已经破败。明万历二十年（1592），菩提寺宝殿倒圯，佛像毁坏，千年古刹几无复兴之望。杭州武陵僧人海月过而见之，悲极而泣，发誓修复此寺。为表决心，海月让铁匠铸了一把一百多斤重的铁锁链，锁在自己颈上，把钥匙投入菩提寺内古井，并向众人明誓“假如不复大雄宝殿旧观，决不开启铁链”。此后他不顾严寒酷暑，身负百来斤的铁锁云游劝募，共历时五年时间，大雄宝殿终于竣工。此殿高8丈，进宽各20丈，神台宽9丈，有7级台阶，以黑铁为门枢，以美石为柱基，大小佛像重塑一新。落成之日，众百姓无不欢欣鼓舞，随即从井中取出钥匙，为海月开锁去链，并一致推举他主持菩提寺，将此井题名为“投钥泉”。相传至今，古井已被填没，但“投钥泉”的井圈尚存于菩提寺中，成为后人缅怀这位复兴法师海月的象征。
清道光八年（1828），江苏巡抚陶澍奏请道光皇帝批准，动用菩提寺东边空地，建造纪念明代大文学家归有光（字熙甫，号震川，曾在安亭讲学13年，学富五车，著述立言，海内尊称为震川先生）的震川书院，宏扬儒学。1937年，菩提寺内观音殿遭日军飞机炸毁。1948年，圆瑛法师来到苏南讲经时，曾选定安亭菩提寺为其弘法所在，一时间，来菩提寺听经学法的苏浙皖沪四众弟子多达万人以上，可见菩提寺声名之隆。文革期间，菩提寺内大雄宝殿毁于劫难，仅存的金刚殿也因白蚁成群，年久失修于1976年被拆除。至此，千年菩提寺只余原山门桥（又称弥陀桥）、古银杏树和
投钥井井圈而已。
