1、定义不同
责令辞职，是指任免机关根据领导成员任职期间的表现，认定其已不再适合担任现职，通过一定程序责令其辞去现任领导职务。
免职，指依法享有任免权的机关按照法律或制度规定免去公职人员所担任的职务。
2、性质不同
责令辞职具有惩罚性，通过一定程序责令其辞去现任领导职务。
免职只是意味被免职人不再担任原职务，一般不具有惩罚性。
3、适用情形不同
责令辞职适用于两种情形：
①是领导成员应引咎辞职，本人不提出辞职的；
②是根据领导成员任职期间的表现，认定其已不再适合担任现职的。责令辞职实际上是组织上对不再适合担任现职的领导成员的一种组织处理。
免职适用于包括因调任其他工作、轮岗交流、任职期满、退休等因素而引起的免除其所任职务的行为。但在某些情况下，免职也用于有过错行为的公职人员，但相对于撤职而言，其过错程序要轻一些，或者其行为的性质还有待进一步查清核实，只是当时已不适于继续任职而先行免职。
4、内容要件不同
责令辞职应当写明责令辞职对象和理由，即提出责令辞职案必须有充分的理由。还应当提供有关材料，也就是其所依据的事实和法律依据，以支持责令辞职理由。
而在免职案中一般只需简单说明免职理由，如工作调动、退休离休等。
5、处理程序不同
责令辞职案提出后，由“一府两院”和主任会议直接提请本级人大常委会会议进行审议；在表决前，被提出责令辞职的人员有权在常委会会议上申辩。然后由主任会议决定是否将责令辞职案提请常委会会议采用无记名票的方式进行表决。
免职案的处理程序相对简单，一般直接列入常委会会议议程，常委会组成人员审议后即予表决。
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