德国海军是德国第一支使用恩尼格玛密码机的部队。海军型号从1925年开始生产，于1926年开始使用。键盘和显示板包含了29个字母，即A-Z、Ä、Ö和Ü，它们在键盘上按顺序排列，而不是按一般的QWERTY式。每个转子有28个触点，字母X的线路不经过转子，也不被加密。操作员可以从一套5个转子之中选择三个，而反射器可以有四种安装位置，代号分别为α、β、γ和δ。1933年7月这种型号又经过了一些小改进。
到了1928年7月15日，德国陆军已经有了他们自己的恩尼格玛密码机，即“恩尼格玛G型”，它在1930年6月经过改进成为了“恩尼格玛I型”。恩尼格玛I型于二战之前与进行的时候在德国军方和其它一些政府组织那里得到了广泛的应用。恩尼格玛I型与商业用恩尼格玛密码机最显著的不同就是I型有一个接线板，这极大地提高了它的保密性。其余的一些不同点包括了固定的反射器，并且I型转子的V形刻痕移到了字母环上。这台机器体积为28×34×15立方厘米，重量约为12公斤。
1930年，德国陆军建议海军采用他们的恩尼格玛密码机，他们说（有接线板的）陆军版安全性更高，并且各军种之间的通信也会变得简单。海军最终同意了陆军的提议，并且在1934年启用了陆军用恩尼格玛密码机的海军改型，代号为“M3”。当陆军仍然在使用3转子恩尼格玛密码机时，海军为了提高安全性可能要开始使用5个转子了。
1938年12月，陆军又为每台恩尼格玛密码机配备了两个转子，这样操作员就可以从一套5个转子中随意选择三个使用。同样在1938年，德国海军也加了两个转子，1939年又加了一个，所以操作员可以从一套8个转子中选择三个使用。1935年8月，德国空军也开始使用恩尼格玛密码机。1942年2月1日，海军为U型潜艇配备了一种四转子恩尼格玛密码机，代号为“M4”（它的通信网络叫做“蝾螈”，而盟军叫它“鲨鱼”）。
人们还生产了一种大型八转子可打印型恩尼格玛密码机，叫做“恩尼格玛II型”。1933年，波兰密码学家发现它被用于德军高层之间的通讯，但是德军很快就弃用了它，因为它不可靠，并且经常出故障。
德国防卫军用的是“恩尼格玛G型”。这种型号有四个转子，没有接线板，并且在转子上有多个V形刻痕。这种恩尼格玛密码机还有一台会记录按键次数的计数器。
其它国家也使用了恩尼格玛密码机。意大利海军使用了商业用恩尼格玛密码机来作为“海军密码机D型”。西班牙也在内战中使用了商业用恩尼格玛密码机。英国密码学家成功地破译了它的密码，因为它没有接线板。瑞士使用了一种叫做“K型”或“瑞士K型”（军方与外交机构使用）的密码机，它与商业用恩尼格玛密码机D型非常相似。许多国家都破译了它的密码，这些国家包括了波兰、法国、英国和美国。日军使用了“恩尼格玛T型”。
恩尼格玛密码机并不是完美的，尤其是在盟军了解了它的原理之后。这就使盟军能够破译德军的通讯，而这在大西洋海战中是具有关键作用的。
人们估计一共有100,000台恩尼格玛密码机被建造出来。在二战结束以后，盟军认为这些机器仍然很安全，于是将他们缴获的恩尼格玛密码机卖给了发展中国家。 盟军破解恩尼格玛机的过程直到1970年才公开。从那以后，人们对恩尼格玛机产生了越来越多的兴趣，美国与欧洲的一些博物馆也开始展出了一些恩尼格玛机。慕尼黑的德国博物馆有一台3转子和一台4转子恩尼格玛机，还有几台商业用恩尼格玛机。美国国家安全局的国家密码学博物馆有一台恩尼格玛机，来参观的客人可以用它来加密及解密信息。美国的计算机历史博物馆，英国的布莱切利园，澳大利亚堪培拉的澳大利亚战争纪念馆和德国，美国和英国一些地方也展出着恩尼格玛机。已经关闭了的圣迭戈计算机博物馆的展品中有一台恩尼格玛机，它在博物馆关闭后被送给了圣迭戈州立大学图书馆。一些恩尼格玛机也成为了私人收藏品。
恩尼格玛机有时也会被拍卖，20000美元的竞拍价是并不稀奇的。
恩尼格玛机的复制品包括了一台德国海军M4型的复制品，一台电子系统经过了改进的恩尼格玛机（恩尼格玛E型），各种计算机模拟软件和纸制模型。
一台罕见的序号为G312的德国情报局版恩尼格玛机于2000年4月1日从布莱切利园被偷走。9月，一个自称“老大”的人放出消息说他要得到25000英镑，否则就会将那台恩尼格玛机毁掉。2000年10月，布莱切利园的官员宣布他们会支付这笔钱，但是在钱付完之后敲诈者却没有回信。就在此后不久，它被匿名地送到了BBC的记者杰里米·帕克斯曼那里，但是三个转子却不见了。2000年11月，一个叫做丹尼斯·叶茨的古董交易家在给星期日泰晤士报打电话要交还那些遗失的转子后被拘捕。事后那台恩尼格玛机被送回了布莱切利园。2001年10月，叶茨在承认他就是偷了那台恩尼格玛机并对被布莱切利园董事基丝丁·拉吉（Christine Large）进行了敲诈的人后被判了10个月的有期徒刑，但他坚持说自己只是为第三者服务的一个中间人。他在入狱三个月后被释放。 恩尼格玛机对密码机的设计是非常有影响的，有一些其它的转子机械就起源于它。英国的Typex机就起源于恩尼格玛机的专利设计，它甚至包含了真实的恩尼格玛机中并未应用的专利设计。为了保密，英国政府没有为应用这些专利设计付版税。日本使用了一种被美国密码学家称作GREEN的恩尼格玛机复制品。在这台并没有被大量使用到的机器中，四个转子是垂直排列的。美国密码学家威廉·弗雷德曼设计了M-325，这是一台与恩尼格玛机具有相似原理的机器，但它从没有被造出来过。
2002年，荷兰的塔吉雅娜·凡·瓦克（Tatjana van Vark）制造了一台独特的转子机器。这台机器也是起源于恩尼格玛机，但是它的转子有40个金属触点及管脚，这就使操作员可以输入字母，数字和一些标点；这台机器包含了509个部件。
1918年2月23日，德国工程师阿瑟·谢尔比乌斯申请了他设计的一种使用转子的密码机的专利，并和理查德·里特组建了谢尔比乌斯和里特公司。他们向德国海军和外交部推销这种密码机，但是没有人对它感兴趣。他们随后将专利权移交给了Gewerkschaft Securitas，他在1923年7月9日组建了Chiffriermaschinen Aktien-Gesellschaft（意为“密码机股份公司”）；谢尔比乌斯和里特任董事。
该公司随后开始推销他们的“恩尼格玛A型”转子机，它从1923年到1924年都在万国邮政联盟大会展出。这台机器很笨重，它包含了一台打字机。它的体积为65×45×35立方厘米。重量大约为50公斤。之后，B型恩尼格玛机也被生产了出来，它在结构上与A型相似。[6]尽管名字为“恩尼格玛”，但A和B两种型号和后来的型号之间有很大的差别，这两种型号在大小和形状上有所不同，并且没有反射器。
反射器这个主意是由谢尔比乌斯的同事威利·科恩想出来的，1926年的“恩尼格玛C型”首先安装了反射器。反射器是恩尼格玛机的一个显著特征。
C型比前几种型号更小且更易于携带。它没有配备打字机，而是由操作员来记下显示板上的信息，所以它又有了“亮着灯的恩尼格玛机”这样一个外号。恩尼格玛C型很快就被恩尼格玛D型（1927年开始生产）取代。D型得到了广泛的应用，它的样品被送到过瑞典，荷兰，英国，日本，意大利，西班牙，美国和波兰。
