2016年3月4日上午，张世坤主任主持召开新区干部大会，正式宣布了金普新区机构设置方案及部门负责人任免意见。全区各部正处以上干部参加了大会。
机构设置方案本着进一步转变政府职能、先行先试、“大部制、扁平化”的原则，原机构、人员编制分别精简30%。
在管理体制上，金普新区党工委、管委会，分别为市委、市政府的派出机构，分别与金州区委、区政府合署办公；撤销金州新区党工委、管委会和普湾新区党工委、管委会。金普新区党工委、管委会工作部门及派出机构和群团机关也是金州区委、区政府工作部门及派出机构和群团机关。（实际原大连金州新区、原大连保税区、原大连普湾新区，三区的党工委、管委会人员重新编制，统一管理）
在机构设置上，党工委设置6个工作部门，机构规格为大连市副局级。分别是纪委（监察局合署办公）、党工委办公室、组织部、宣传部、统战部、政法委（信访局、司法局合署办公）。
管委会设置15个工作部门，机构规格为大连市副局级。包括管委会办公室、经济发展局、商务局、社会事业局、民政局、财政金融局、人力资源和社会保障局、环境保护局、城乡建设局（与国土局合署办公）、城市管理综合执法局、交通局、农业局、审计局、市场监督管理局、安全生产监督管理局。设置行改服务中心为新区派出机构，市副局级。
群团机关设置4个，机构规格为大连市副局级。包括总工会、共青团、妇联、工商联。
设置9个功能区管委会，承担本区域内规划建设、财政融资、招商引资等职责。其中，4个功能区管委会分别为市政府派出机构，委托金普新区管理（暂不含保税区管委会），机构规格为大连市正局级。包括大连经济技术开发区管委会，将大连双D港产业园区管委会、大连小窑湾国际商务区管委会、大连先进装备制造业园区管委会划归其管理。大连保税区管委会，现行管理体制暂不变。大连普湾经济区管委会，将大连三十里堡临港工业区管委会、大连松木岛化工园区管委会、大连炮台经济开发区管委会划归其管理。大连金石滩国家旅游度假区管委会，将大连金石文化旅游产业区管委会划归其管理。
其他5个功能区管委会分别为市政府派出机构，委托金普新区管理，机构规格为大连市副局级，包括大连金州经济开发区管委会、大连金渤海岸服务业发展区管委会、大连登沙河产业区管委会、大连国家农业科技园区管委会、大连渔业加工园区管委会。
人大机关、政协机关、街道管理体制保持不变。
在其他有关事项方面，普兰店区所辖的普兰店区铁西、丰荣、南山、太平4个街道和普兰店开发区享受金普新区政策，区域规划和产业布局等重大事项金普新区管委会和普兰店区人民政府相应协商管理。
会议要求各部门、各单位从全局和战略高度，充分认识此次改革的重大意义，统一思想，顾全大局，加强领导，精心组织，把思想统一到市委、市政府的决策部署上来，做到思想不散、工作不断、秩序不乱、人员妥善安排、国有资产不流失。严肃各项纪律，确保改革工作平稳实施。
