系统分类学，作为一门核心的科学研究，其目标在于探究生物种类之间的异同以及这些差异所反映的亲缘关系、进化历程和生命规律。首要任务是区分生物与非生物，然而，这并非易事。例如，病毒的存在就挑战了我们的传统认知。它们能在宿主体内复制，但缺乏独立的营养获取和繁殖机制，这使得它们在生物体外的特性与生物截然不同，如缺乏制造或摄取营养的能力，以及DNA的典型遗传特性。
再比如阮粒，虽然能引发疯牛病，但其组成并不包含DNA，这再次突显了生命体的基本构成单元并非单一。长久以来，细胞被认为是构成生命的基本单位，因为DNA通过转录和翻译过程产生蛋白质，进而构建细胞膜、胞器等。然而，随着科学的进步，这些基本概念也在不断演变。
在分类实践中，林奈氏分类系统占据主导地位，以属名和种加词来区分生物。国际上对此有着严格的命名规则，如《国际植物命名法规》、《国际动物命名法规》和《国际细菌命名法规》等，旨在规范命名过程。然而，如生物命名法规（BioCode）的第四版草案虽然在1997年发布，但尚未正式采纳。另外，病毒的命名和分类则由《国际病毒命名和分类法规》独立管理，这体现了分类学领域的复杂性和多样性。
系统分类学（Systematic）是研究物种的演化历史，以及他与其它物种间的关系的学科。它利用生物物种在不同的环境，地区进行不同的演化，以基因或是基因产物将物种演化的历史进行解析。